Диккенс начал работать над романом в мае 1855 года, находясь в это время в Париже с новым другом Уилки Коллинзом, и писал его в течение двух лет. Первоначально он планировал назвать книгу «Никто не виноват» (англ Nobody is to blame). Её главным героем должен был стать человек, неосознанно приносящий всем несчастья. При каждой новой беде он восклицал бы: «Ну, знаете, по крайней мере, хорошо то, что никого нельзя обвинить!» (рус.). Однако, после четвёртого выпуска, Диккенс отказался от этого плана и переделал начало.
До этого ни один из романов не давался ему с таким трудом, не требовал такого количества переписок и исправлений. По сохранившимся черновым тетрадям Диккенса видна разница между страницами «Дэвида Копперфильда» и «Крошки Доррит». Если в первом из них мысли и образы легко укладываются на бумагу, и нисколько не затрудняют автора, то во втором обнаруживается мучительный поиск выражений для иллюстрирования характера и положения действующих лиц. Процесс творческой работы становился для автора все затруднительней. Сам Диккенс осознавал ослабление своей писательской силы. В своих письмах этого времени он говорит, что его писательская деятельность подходит к концу и жалуется, что никогда не вернуть ему прежней свежести мысли, плодовитости воображения.
Чтобы заглушить это мучительное сознание, Диккенс брался за устройство театральных представлений, за участие в политических митингах и разных благотворительных собраниях, за публичное чтение своих произведений в пользу разных обществ и учреждений. Однако читатели не замечали этой перемены. «Крошка Доррит» расходилась в огромном количестве экземпляров. Всеобщий интерес привлекало семейство Дорритов, а министерство Волокиты рассматривалось как едкое сатиричное изображение английского правительства.
Время от времени заботы о журнале «Домашние чтение» призывали его в Лондон. Тогда им уже безраздельно завладел новый роман, и, начиная очередной выпуск, он всякий раз переживал «мучительнейшее состояние: через каждые пять минут я бегу вниз по лестнице, через каждые две – кидаюсь к окну и больше ничего не делаю... Я с головой ушел в работу – то взлетаю, то падаю духом, то загораюсь, то гасну». Личные странности Диккенса, выражаемые нередко в самопроизвольном впадении в транс, подверженности видениям и испытанию состояния дежавю, проявлялись и во время написания романа «Крошка Доррит». Ему повсюду мерещился образ главной героине, все мысли были заняты одной ей. Она не покидала его даже во время морской прогулки – «вздымалась на волне, плавала в облаках, прилетала с ветром». Иногда он пробовал спастись от вездесущий Эми бегством.
Ночами Диккенс гулял по городу, назначал и отменял свидания, мечтал отправиться куда-нибудь на пароходе, полететь на воздушном шаре. В компании стремился к уединению, а оставаясь один, томился по обществу.
Когда работа над романом близилась к концу, Чарльз Диккенс захотел узнать, сохранилась ли тюрьма Маршалси до его дней. Прибив на место, где она раньше находилась, он увидел, что на мести наружного двора располагается бакалейная лавка. Это заставило Диккенса предположить, что от тюрьмы ничего не осталось. Однако, бродя по одной из близлежащих улиц обозначенной как Энлжел-Корт, ведущая к Бермодси, он вдруг очутился на Маршалси-Плейс и не только узнал в стоящих там домах большую часть строений тюрьмы, но также убедился, что целы те помещения, которые он мысленно видел перед собой при написании «Крошки Доррит». Рядом стоящий юноша подробно рассказал писателю о прошлом этих лет. Указав на окно комнаты, где родилась Крошка Доррит и где столько лет прожил ее отец, он спросил, кто там живет теперь. Собеседник ответил: «Том Питик». Диккенс спросил, кто такой Том Питик и услышал в ответ: «Джека Питика дядя». Пройдя немного дальше, он обнаружил старую невысокую стену, что шла вокруг тесной внутренней тюрьмы. Эту историю автор позже изложил в предисловие к первому полному изданию «Крошка Доррит» .
