У Дурслей
Действие второго романа о Гарри Поттере начинается в его 12-й день рождения. С начала лета Гарри не получил ни одного письма от Рона или Гермионы. Дядя Вернон, даже не вспомнив о дне рождения Гарри, требует от него весь вечер тихо сидеть в своей комнате. Сегодня в гости должны прийти важные партнёры по бизнесу.
В тот же вечер в комнате Гарри появляется домовой эльф по имени Добби и заявляет, что Гарри Поттеру нельзя возвращаться в Хогвартс, там ему грозит страшная опасность. Гарри отказывается выполнять просьбу Добби не возвращаться в школу, за что эльф совершает колдовство прямо на глазах у Дурслей и их гостей. Вскоре Гарри получает письмо, в котором сообщается, что несовершеннолетним волшебникам запрещено колдовать вне школы, и содержится угроза исключить Гарри Поттера при повторении подобного. Прочитав письмо, Вернон понимает, что бояться Поттера не стоит, и запирает его во вторую комнату Дадли.
Три дня Поттера держат взаперти, словно в тюрьме. Ночью к Гарри прилетают братья Уизли — Рон, Фред и Джордж — на принадлежащем их отцу летающем «Форде Англия», вызволяют и забирают к себе домой. По дороге они рассказывают, что Добби, вероятно, служит Драко Малфою — заклятому врагу Гарри. Отец Драко, Люциус, был близким помощником Волан-де-Морта, но после падения тёмного волшебника стал уверять, что ни к каким злодействам не причастен.
В гостях у Уизли
Остаток каникул Поттер проводит с семьёй Уизли. Они принимают его у себя как родного: мать Рона, Молли Уизли, постоянно с любовью заботится о Гарри, а отец Рона, работник Министерства Магии Англии Артур Уизли, становится другом Гарри и расспрашивает его о разных изобретениях маглов, которыми увлекается. Джинни Уизли, идущая в этом году на первый курс Хогвартса, краснеет и смущается при виде Гарри.
Гарри и семья Уизли едут за покупками перед школой в Косой Переулок, используя летучий порох. Гарри случайно попадает в Лютный переулок, в жутковатый магазин «Горбин и Бэрк». Там он видит Драко Малфоя и его отца Люциуса. Примерно через час в книжном магазине наши герои знакомятся с волшебником и писателем Златопустом Локонсом, который объявляет о своём назначении на должность учителя Защиты от Тёмных Искусств в школе Чародейства и Волшебства «Хогвартс». Но после этого они снова натыкаются на Малфоев. Оказывается, Малфои ненавидят семью Уизли за дружбу с маглами. Завязывается потасовка, которую останавливает Хагрид. В ходе ссоры Люциус с презрением вынимает из котла потрёпанный учебник Джинни Уизли и возвращает его обратно в котёл, утверждая, что Уизли не могут купить ничего лучше для детей, чем драные книжки.
На вокзал Кингс-Кросс семья Уизли и Гарри едут на машине Артура Уизли. Гарри и Рон должны попасть на платформу 9¾ последними, но у них это не получается: барьер, через который они должны пройти, их не пускает. Опоздав на поезд, они берут машину отца Рона и летят в Хогвартс. При посадке машина врезается в Гремучую иву и сбегает в Запретный лес. Гарри и Рон получают выговор от профессоров Северуса Снегга и Минервы Макгонагалл за то, что их автомобиль видели маглы (при взлёте отказала невидимость).
Хогвартс
В школе все только и начинают говорить, что о Локонсе, хотя он тщеславен и ничего не понимает в ЗОТИ (Защите От Тёмных Искусств). На своих уроках он читает студентам отрывки из своих книг, в которых описывал свои подвиги. Гарри и Рон относятся к Локонсу с презрением, а Гермиона — с обожанием. У Гарри появляется поклонник Колин Криви, первокурсник Гриффиндора. Колин всюду ходит с фотоаппаратом и фотографирует своего кумира.
В квиддиче начинаются проблемы — в команду Слизерина попадает Драко Малфой, а его отец покупает всей сборной мётлы «Нимбус-2001», которые гораздо лучше, чем у Гарри. Они на одной из тренировок бесцеремонно прогоняют гриффиндорцев.
Загадка Тайной Комнаты
Гарри на отработке у Локонса (она была назначена за разбитую Гремучую Иву) начинает слышать голос, который говорит об убийстве. Никто, кроме Поттера, этот голос не слышит. Гермиона считает, что лучше об этом никому не говорить, так как даже в магическом мире слышать то, чего не слышат другие — плохой признак. А на Хэллоуин случается происшествие — Гарри снова слышит тот голос и вместе с друзьями бежит сломя голову. Они попадают в коридор, залитый водой, где на канделябре висит кошка школьного завхоза Филча Миссис Норрис, а на стене — кровавая надпись «Тайная комната открыта! Трепещите, враги наследника!» Филч обвиняет в этом Гарри Поттера и утверждает, что тот убил кошку. Неожиданно Снегг заступается за Гарри, а Дамблдор развеивает опасения по поводу кошки. Она не убита, только оцепенела. Нужно несколько месяцев, чтобы вырастить мандрагору и приготовить зелье, которое вылечит кошку.
На уроке истории магии Гермиона выпытывает у профессора Бинса что-либо о «тайной комнате». Профессор неохотно рассказывает, что Салазар Слизерин — родоначальник факультета Слизерин, всегда был за то, чтобы в школе учились только чистокровные волшебники, но другие маги с ним не согласились. В конце концов Салазар ушёл, но, по легенде, оставил в Хогвартсе комнату, которую однажды должен открыть его наследник и избавиться от маглорождённых в школе. Легенда гласит, что в этой комнате находится чудовище, которым может управлять только наследник Слизерина.
Гарри, Рон и Гермиона подозревают в открытии комнаты Малфоев. Они решают создать Оборотное зелье и превратиться в Крэбба и Гойла, с тем чтобы выведать что-то у Драко Малфоя.
На игре Гриффиндора со Слизерином бладжер всё время атакует одного Гарри. Он падает, ломает руку, но ловит снитч другой рукой. Ночь Гарри проводит в больничном крыле. К нему приходит Добби и признаётся, что это он заколдовал бладжер на матче и заблокировал барьер к платформе 9¾, чтобы Гарри не смог попасть в Хогвартс. Добби знает, кто открыл Комнату, но не может сказать Гарри. После беседы с Добби в палату вносят Колина Криви с его фотоаппаратом. Он тоже оцепенел, а плёнка в фотоаппарате расплавилась.
Локонс и Снегг создают в школе дуэльный клуб, чтобы научить учеников приёмам самозащиты (там Снегг показывает заклятие Экспеллиармус, которое вскоре стало «коронным приёмом» Гарри). Вскоре начинаются дуэли учеников, которые кончаются неудачно — Гарри и Драко стали друг на друга насылать «смешные» проклятия, а Гермиона передралась со слизеринкой Миллисентой Булстроуд. Снегг предлагает повторить дуэль Поттера и Малфоя. Драко выпускает из палочки змею, но Гарри приказывает ей не нападать ни на кого. Змея повинуется. Так все узнают, что Гарри — змееуст, то есть умеет разговаривать со змеями на их языке. Выясняется, что это очень редкая способность. Змееустами были Салазар Слизерин и Волан-де-Морт. Считается, что это признак чёрного мага, а добрые волшебники никогда не бывают змееустами.
Очень многие ученики школы, в том числе и гриффиндорцы, начинают считать, что именно Гарри Поттер является наследником Слизерина. К нему относятся со страхом и ненавистью. Многие студенты, в том числе сам Джастин, не верят, что Гарри спасал Джастина от змеи: возможно, Гарри натравливал на него змею, ведь родители Джастина — маглы. Подобного рода объяснение получают и другие факты: по мнению некоторых студентов, Гарри ненавидит Дурслей, потому что он вообще ненавидит маглов; Колин Криви оцепенел в наказание за то, что сфотографировал Гарри лежащим в грязи на поле для квиддича, а кошка — потому что Гарри не ладил с Филчем; Тёмный Лорд хотел уничтожить Гарри Поттера как опасного конкурента, но потерпел поражение, потому что Гарри — сильнейший чёрный маг. А вскоре Джастин и Почти Безголовый Ник попадают в больницу, будучи оцепенёнными. Дамблдор беседует с Гарри и утверждает, что верит в его невиновность. В кабинете Дамблдора Гарри знакомится с фениксом директора Фоуксом.
Оборотное Зелье, которое готовила «гриффиндорская троица», было сварено к Рождеству. Усыпив Крэбба и Гойла, Гарри и Рон берут их волосы и, добавив в зелье, сваренное Гермионой, превращаются в друзей Малфоя. Гермиона берёт волос с одежды Миллисенты Булстроуд из Слизерина, с которой она дралась в дуэльном клубе, но это оказывается кошачий волос, и Гермиона превращается в получеловека-полуживотное, после чего ей приходится долго лечиться. Гарри и Рон приходят к Драко в гостиную Слизерина и пытаются выпытать, кто открывает комнату, но, к их удивлению, оказывается, что Малфой ничего не знает.
Дневник Тома Реддла
Гарри находит в туалете Миртл странную книгу, это дневник, но внутри пустые страницы. На книге написано, что это собственность некоего Тома Реддла. Гарри обнаруживает, что если начать писать в Дневнике, то ему кто-то отвечает записями. Гарри пишет своё имя, в дневнике появляется надпись, что его собеседника зовут Том Реддл. Гарри узнаёт, что Реддл учился в Хогвартсе 50 лет назад. Поттер просит рассказать о событиях того времени. Но Реддл предлагает посмотреть кое-что. И Гарри перемещается на 50 лет назад, в Хогвартс того времени. Гарри видит, как учителя уносят труп Миртл, который нашли в туалете. Её убило чудовище Тайной Комнаты. Гарри видит Реддла — это старшеклассник, староста Слизерина. Поттер видит, как Реддл общается с тогдашним директором Хогвартса — Армандo Диппетом. Выясняется, что Хагрид учился вместе с Реддлом в школе. Реддл обвиняет в смерти Миртл Хагрида и говорит что-то о чудовище. Гарри возвращается обратно в своё время, а через несколько дней дневник пропадает из его комнаты.
Расследование Гарри и Рона
Вскоре пострадала и Гермиона Грейнджер. Только после этого нападения Гарри Поттера перестали обвинять в нападениях, ибо он не мог даже в мыслях напасть на свою подругу. Был отменён турнир по квиддичу. Дамблдора увольняют с должности директора Хогвартса, а Хагрида забирают в тюрьму для волшебников Азкабан. Гарри и Рон видят это, сидя в избушке Хагрида под мантией-невидимкой. Полувеликан успевает посоветовать идти за пауками. Через некоторое время Гарри и Рон замечают, что по непонятной причине из школы бегут пауки: в Запретный лес тянется их цепочка. Гарри и Рон идут за пауками и встречаются с Арагогом, огромным чёрным пауком. Арагог говорит, что он — тот монстр, которого воспитывал Хагрид, но он — не чудовище Слизерина, и лесничий никогда не открывал тайную комнату. Настоящее же чудовище скрывается в замке, и пауки боятся его так, что даже не произносят его имени. Вскоре Гарри и Рон понимают, что Плакса Миртл и есть та девочка, которую убило чудовище. Именно она может рассказать правду.
В больнице они узнают, что мандрагоры поспели, и к вечеру будет готово зелье, которое вылечит кошку, Джастина, Колина Криви и Гермиону. Гарри и Рон находят в кулаке Гермионы лист, который она несла им. На нём описывается чудовище, гигантская змея василиск, которая может убить одним взглядом. Друзья понимают, что оно и живёт в Тайной комнате. Жертвы василиска не умерли, потому что не смотрели ему прямо в глаза: кошка увидела его глаза в отражении от воды, Гермиона в зеркале (она знала, что прямо в глаза василиску смотреть нельзя), Криви через фотоаппарат, Джастин через Почти Безголового Ника, а сам Почти Безголовый Ник не мог умереть второй раз. К тому же Гермиона написала слово «трубы», объясняя, как василиск передвигается по замку. Наши друзья приближаются к разгадке тайны.
Поход в Тайную Комнату
В переводе от «Росмэн» Волан-де-Морт упоминается как Том Нарволо Реддл, хотя в книге «Гарри Поттер и Принц-Полукровка» его имя написано по другому: «Том Марволо Реддл». Буква была изменена из-за состава второго имени Тома — лорд Волан-де-морт. В оригинале же его настоящее имя — Tom Marvolo Riddle, а расшифровывается как I am Lord Voldemort.
Гарри и Рон собираются поведать преподавателям о своём расследовании, однако на стене рядом с туалетом девочек появляется надпись, что в Тайной комнате находится ученик школы, и он останется там навечно. Вскоре выясняется, что это Джинни Уизли. Школу собираются закрыть. Гарри и Рон решают попросить помощи у Локонса, но обнаруживают, что Локонс хочет сбежать. Выясняется, что в своих книгах он присваивал себе подвиги других магов, для чего сначала подробно расспрашивал их, а потом стирал их память заклинанием Забвения. Локонс хочет подвергнуть заклинанию Забвения Гарри и Рона, чтобы они ничего не рассказали, но Гарри разоружает его заклинанием Экспеллиармус. Гарри и Рон идут к плаксе Миртл, заставив и Локонса пойти с ними. Миртл рассказывает, что перед смертью слышала речь на непонятном языке и видела два огромных жёлтых глаза. Она показывает на умывальник, где были эти глаза, он пытается открутить кран но Миртл говорит ему что кран давно не работает и Гарри видит, что на кране нацарапана маленькая змейка. Представив, что перед ним змея, Гарри говорит на змеином языке слово «откройся». Открывается туннель, ведущий вниз.
Гарри, Рон и Локонс сползают по туннелю, который ведёт, по-видимому, глубоко под землю. Локонс нападает на Рона, отбирает его волшебную палочку и атакует Гарри и Рона заклинанием Забвения. К счастью, волшебная палочка Рона, сломанная в начале учебного года при ударе «Форда Англия» о Гремучую иву, взрывается и создаёт завал, отделяющий Гарри от Рона. Гарри идёт дальше и встречает Тома Реддла и лежащую без сознания Джинни Уизли. Том Реддл признаётся, что это он — наследник Слизерина. Он убил Миртл и оболгал Хагрида, он подчинил себе Джинни, весь год переписывавшуюся с дневником, и она натравляла василиска на его жертв. Сама Джинни не помнила, что она это делала. Потом Реддл решил познакомиться поближе с Поттером, а затем Джинни выкрала дневник. Он же является Волан-де-Мортом: имя Волан-де-Морт — анаграмма имени Том Марволо Реддл.
Реддл вызывает василиска, чтобы убить Гарри Поттера, но феникс Фоукс прилетает на помощь мальчику и приносит Волшебную Шляпу. В Шляпе появляется отливающий серебром меч, Гарри случайно воткнул меч в нёбо Василиска . При этом василиск тяжело ранит Гарри своим клыком, но феникс роняет слёзы, и рана Гарри излечивается. Вскоре феникс приносит Гарри дневник, и тот пронзает дневник клыком василиска. Из дневника хлещут чернила, яд василиска прожигает в нём сквозную дыру, а Реддл с криком исчезает.
Развязка
Гарри, Рон, Джинни, Локонс и Фоукс возвращаются из Тайной Комнаты в туалет плаксы Миртл, после чего идут в кабинет МакГонагалл, и там Гарри и Рон рассказывают всю правду, в том числе и о своих нарушениях школьных правил. Джинни, плача, также сознаётся, что дневник она нашла вложенным в один из школьных учебников. Но Дамблдор прощает эту ошибку Джинни и заявляет, что люди старше неё тоже были обмануты Волан-де-Мортом, а затем награждает Гарри и Рона наградами «За особые заслуги в школе» и 400 очками на двоих на счёт Гриффиндора (таким образом, кубок школы остаётся у Гриффиндора ещё на год). А в личном разговоре с Гарри выясняется несколько вещей:
• Гарри владеет змеиным языком, потому что им владел Волан-де-Морт;
• Волан-де-Морт, пытаясь убить Гарри Поттера, нечаянно вложил в него часть своих сил;
• Распределяющая Шляпа предлагала Гарри перейти на Слизерин только за счёт личных качеств Гарри, которые подходили для Слизерина, но Гарри попал на Гриффиндор исключительно благодаря своему желанию;
• Меч, которым Гарри убил василиска — меч Годрика Гриффиндора, и вынуть его из Шляпы может только истинный гриффиндорец, коим оказался Гарри.
Хагрид был оправдан и полностью реабилитирован. Дамблдор возвращается на свой пост по просьбе всех членов Попечительского Совета, кроме Люциуса Малфоя. Некоторые члены совета намекают, что их согласие на увольнение Дамблдора было вызвано угрозами подвергнуть заклятию их семьи. Гарри и Дамблдор смогли выгнать Люциуса Малфоя из Попечительского совета, обвинив его в том, что он подбросил дневник Джинни Уизли. Попытки Малфоя оправдаться оказались бессмысленными, к тому же Гарри освобождает Добби хитрым способом — обернув своим носком дневник, он даёт обе вещи Люциусу, тот выкидывает носок и попадает прямо в Добби. Эльф радуется освобождению и прогоняет Малфоя. С этого момента он становится одним из верных друзей Гарри.
Всех пострадавших от василиска излечивают при помощи корня мандрагоры. Экзамены в этом году отменяются. Кубок школы ещё на год обеспечен Гриффиндору. Локонс отправляется в больницу святого Мунго восстанавливать память. Гарри даёт номер телефона Дурслей и Рону, и Гермионе. Они обещают ему хотя бы раз позвонить и встретиться этим летом.