В подростковом возрасте Логиновым была сочинена игра, похожая одновременно на «Морской бой» и на го: во многих своих школьных тетрадях Святослав рисовал прямоугольники, состоящие из клеток. В глубине этих прямоугольников находились таинственные чудовища, для спасения от которых нужно было по особой системе строить острова безопасности, вырабатывая определённую стратегию.
Много лет спустя любитель научной фантастики издатель фэнзина «Сизиф» Андрей Николаев убедил Логинова написать на основе этой игры роман — одним из аргументов было отсутствие качественных современных отечественных романов. Логинов согласился далеко не сразу, и Николаев длительное время убеждал его взяться за написание книги. Наконец за два лета, проведенные Логиновым на Псковщине, в деревушке Зарема, — лето 1991 и 1992 года — авторский замысел превратился в рукопись. Пока Логинов работал над романом, его 11—12-летний сын Денис занимался домашним хозяйством, включая приготовление еды, что и дало возможность Логинову посвятить всё свое время работе над «Многоруким богом далайна»; по вечерам же автор читал сыну очередные несколько страниц рукописи.
Помимо игры, инструментом, с помощью которого создавался роман, стал двухтомный монгольско-русский словарь. Первоначально Логинов хотел для сочинения личных имён и тех или иных понятий своего мира использовать чукотский язык, однако словаря этого языка он не достал. Зато у него под рукой оказался монгольско-русский словарь. Большинство слов, взятых из него, Логинов использовал не в их прямом или даже ассоциативном значении, но ориентируясь на их фонетику и вызываемое их звучанием впечатление: например, в прямом значении было употреблено слово «цэрэг», а в значении, далёком от реального, — слова «Жужикчин», «Ёроол-Гуй».
Роман несколько раз издавался в России: его публиковали издательства «Флокс» (1995), «Азбука» (1996, 1997, 2023), «Эксмо-Пресс» (2001), «Эксмо» (2004), «Acta Diurna» (последнее из этих издательств — с авторским послесловием о судьбе ненаписанной второй книги романа). Печатался также в Болгарии в 2001 году в переводе Ивана Тотоманова.