Родителей годовалого Гарри Поттера убивает Волан-де-Морт, после чего исчезает при попытке убить самого Гарри. Поздно вечером директор школы волшебства Хогвартс Альбус Дамблдор и его заместитель Минерва МакГонагалл появляются возле дома Вернона и Петуньи Дурсль, единственных родственников Гарри. Лесник Рубеус Хагрид привозит ребёнка, которого оставляют у дяди с тётей, чтобы слава не вскружила ему голову раньше времени. Проходит десять лет. Дурсли относятся к нему неприязненно. С Гарри иногда случаются странные вещи, например, отрастают волосы, исчезает стекло, а сам он говорит со змеёй. Накануне одиннадцатилетия мальчик получает письмо, которое отнимает дядя Вернон. Дурсли с Гарри уезжают в хижину на острове. В ночь, когда Гарри исполняется одиннадцать, появляется Хагрид и рассказывает ему, что он волшебник и будет учиться в Хогвартсе. Также Гарри впервые узнаёт о родителях. Вместе с Хагридом они покупают всё необходимое для школы, и в это время Хагрид по поручению Дамблдора забирает что-то секретное из хранилища в банке.
Первого сентября от платформы девять и три четверти вокзала Кингс-Кросс Гарри отправляется в Хогвартс. В дороге он знакомится с Роном Уизли, в купе заглядывает Гермиона Грэйнджер. Рон рассказывает Гарри о мире магов, спорте магов квиддиче и Хогвартсе, в котором четыре факультета: Гриффиндор, Пуффендуй, Когтевран, Слизерин. Распределяющая шляпа отправляет Гарри, Рона и Гермиону в Гриффиндор. Гарри замечает неприязненное отношение со стороны преподавателя зельеварения Северуса Снегга. После первого урока полёта на метле Поттер становится ловцом сборной факультета по квиддичу. Из заметки в газете он узнаёт, что кто-то пытался похитить из банка то, что чуть раньше забрал Хагрид. В замке обнаруживается огромная трёхголовая собака, которая охраняет какой-то люк. После того, как Гарри и Рон спасают Гермиону от тролля, они окончательно становятся друзьями. Как-то в разговоре Хагрид проговаривается про Николаса Фламеля, и спустя время ребята узнают, что собака охраняет философский камень, дающий бессмертие. Также Гарри находит зеркало Еиналеж, показывающее то, чего больше всего хочет человек. Хагрид проговаривается, что камень охраняется несколькими учителями, среди которых Стебль, Флитвик, МакГонагалл, Квиррелл, Снегг и сам Дамблдор. Гарри всё больше подозревает, что это Снегг пытается украсть камень. Отбывая наказание в Запретном лесу, Гарри сталкивается с незнакомцем в чёрном плаще со скрывающим лицо капюшоном, пьющим кровь единорога для поддержания жизни, и со слов кентавра понимает, что Снегг пытается украсть философский камень для Волан-де-Морта.
После экзаменов шрам Гарри постоянно болит. Оказывается, Хагрид рассказал незнакомцу, как пройти мимо трёхголовой собаки по кличке Пушок, которую посадил на люк именно он. В это время Дамблдор уезжает в Лондон, и Гарри понимает, что Снегг попытается добраться до камня. Поэтому Поттер решает его опередить. Гарри, Рон и Гермиона сталкиваются с дьявольскими силками профессора Стебль, летающими ключами профессора Флитвика, волшебными шахматами профессора МакГонагалл, троллем профессора Квиррелла и зельями профессора Снегга. Рон остаётся в комнате с шахматами, а Гермиона вынуждена вернуться после зелий. Гарри идёт дальше, но вместо Снегга обнаруживает Квиррелла, который не может достать камень из зеркала Еиналеж. Оказывается, это Квиррелл служит Волан-де-Морту, а Снегг наоборот пытался спасти Поттера, хоть и ненавидел его отца. На затылке Квиррелла обнаруживается лицо Волан-де-Морта, который пытается склонить Гарри на свою сторону, а после приказывает его убить. Но от прикосновений Поттера Квиррелл получает ожоги. Гарри теряет сознание, а очнувшись уже в медпункте, узнаёт, что Дамблдор успел помешать Квирреллу. Гарри защищала любовь погибшей матери. За действия по защите камня ребята получают баллы, которые выводят Гриффиндор на первое место в соревновании факультетов. После объявления успешных результатов экзаменов ученики разъезжаются на летние каникулы.
