Введение
Главным героям, Вильгельму Баскервильскому и его юному спутнику Адсону Мелькскому, приходится расследовать гибель некоего Адельма Отрантского, монаха бенедиктинской обители. Действие происходит в конце ноября 1327 года в неназванной местности, с туманным указанием на границу Лигурии, Пьемонта и Франции, то есть на северо-западе Италии. Сюжет разворачивается в течение недели. Вильгельм, чьей первоначальной целью было подготовить встречу между теологами папы Иоанна XXII и императора Людовика IV Баварского (Ludwig IV der Bayer), теперь должен подтвердить свою репутацию учёного мужа и в прошлом знаменитого инквизитора.
Библиотека
Настоятель монастыря Аббон безосновательно не допускает героев в библиотеку, между тем есть версия, что Адельм, первый погибший, выпал именно из окна книгохранилища. Библиотека — лабиринт, расположенный на третьем этаже Храмины — башни, поражающей Адсона своими размерами, великолепием и символичностью архитектурной формы. На втором этаже находится скрипторий, в котором монахи переписывают рукописи. Тут столкнулись две монастырские партии — итальянцы и иностранцы. Первые ратуют за свободный доступ ко всем книгам, за работу с народным языком, вторые же — консерваторы — получили руководящие места (немец Малахия — библиотекарь, его помощник Беренгар, и «серый кардинал» — испанец Хорхе) и поэтому не разделяют стремлений итальянцев. Дабы уяснить причину происходящего, Вильгельм и Адсон тайно проникают в библиотеку ночью. Герои плутают, встречают призраков, на поверку оказавшихся ловушками, ухищрением человеческого разума. Первая вылазка ничего не дала — с трудом выбравшись из лабиринта, Вильгельм и Адсон сомневаются в собственных силах и решают раскрыть загадку лабиринта «снаружи».
Nomen nudum
В следующую ночь Адсон самостоятельно, движимый душевным возбуждением, проникает в библиотеку, благополучно спускается на первый этаж (где находится кухня) и встречает там девушку, которая отдавалась келарю за еду. С ней у Адсона происходит связь, предосудительная для послушника.
Впоследствии он осознаёт, что, потеряв свою возлюбленную, он даже лишен последнего утешения — плакать, произнося её имя. Вероятно, этот эпизод прямо связан с названием романа (по другой версии, название отсылает к риторическому вопросу в споре реалистов с номиналистами — «Что остается от имени розы, после того как исчезнет роза?»).
Диспут о бедности Христа
Затем в обитель собираются представители императора — в основном францисканцы (как и брат Вильгельм) во главе с генералом ордена — Михаилом Цезенским, и посольство папы во главе с инквизитором Бернардом Ги и поджеттским кардиналом. Официальной целью встречи является обсуждение условий, на которых Михаил Цезенский сможет прибыть в Авиньон к папе Иоанну для дачи объяснений. Папа считает ересью провозглашенную Перуджийским капитулом ордена францисканцев доктрину о том, что Христос и апостолы не имели никакой собственности, в то время как император — противник папы — поддержал решения капитула. Диспут о бедности Христа является только формальным поводом, за которым скрывается напряженная политическая интрига. Михаил искренне ищет примирения, но Вильгельм с самого начала не верит в успех встречи, что впоследствии полностью подтверждается. Для делегации папы, и в особенности для Бернарда Ги (или Гвидони, как зовут его итальянцы) нужен лишь повод, чтобы подтвердить справедливость обвинений францисканцев-миноритов в ереси. Этим поводом становится допрос келаря Ремигия Варагинского и Сальватора, бывших в свое время еретиками-дольчинианами. Вильгельм не смог найти убийцу, и французские лучники, подчинённые Бернарду, берут монастырь под свой контроль (ненайденный убийца представляет опасность для посольств). Вильгельм и Адсон вновь проникают в библиотеку, открывают в хаосе комнат систему и находят зеркало — вход в «предел Африки», куда ведут все следы книги — причины всех преступлений. Дверь не открылась, и при возвращении в кельи герои становятся свидетелями поимки Бернардом Ги «виновных» — приготовившегося к любовному колдовству монаха Сальватора и девушки, бывшей с Адсоном. На следующий день происходят прения между посольствами, в итоге Бернард использует Сальватора и его товарища келаря Ремигия как оружие против францисканцев. Под давлением инквизитора они подтверждают, что они некогда принадлежали к миноритам, а потом оказались в секте Дольчина, исповедовавшей схожие с миноритскими воззрения на бедность Христа и воевавшей против властей, затем предали свою секту и оказались, «очистившись», в этом монастыре. Открывается, что Ремигий имел при себе письма еретика Дольчина сторонникам, и эти письма он попросил сохранить библиотекаря Малахию, который, не зная их содержания, прячет их в библиотеке, а потом выдает Бернарду Ги. Под страхом пыток Ремигий признает себя виновным в убийствах, произошедших ранее в монастыре, и объясняет их своей связью с дьяволом. Таким образом получается, что в аббатстве много лет живёт еретик-дольчианин, одержимый дьяволом убийца, а в библиотеке хранились письма ересиарха Дольчина. В результате авторитет монастыря подорван, а переговоры прерваны. Наступает шестой и последний день, посольства отъезжают, но до того становятся свидетелями очередной таинственной смерти — библиотекаря Малахии. Вильгельм просит аудиенции у Аббата, в конце которой Аббон предлагает ему покинуть монастырь к утру. К вечерне не является и сам настоятель, и в возникшем смятении Вильгельм и Адсон возвращаются в библиотеку, находят ключ и проникают в «предел Африки».
Мировой пожар
В «пределе Африки» они находят слепца Хорхе с единственным сохранившимся экземпляром второй книги «Поэтики» Аристотеля. Происходит спор, в ходе которого слепой аргументирует сокрытие этого произведения, а Вильгельм — необходимость его открытия миру. Хорхе Бургосский увидел в книге главного своего врага, так как в ней безупречно доказана необходимость смеха. (Главный довод слепца — Иисус не смеялся никогда). Старец отрывает страницу, пропитанную ядом, и начинает её есть, тушит свет (в «пределе Африки» нет окон), следует погоня по книгохранилищу, затем он на глазах у Вильгельма и Адсона «доедает» том, вырывает у героев лампу и поджигает библиотеку. Она горит, за ней занимается вся Храмина, огонь перекидывается на остальные строения. Все старания потушить тщетны. Адсону на ум приходит образ из жития святого Августина — мальчик, ложкой вычерпывающий море.
Эпилог
Адсон и Вильгельм покидают пепелище и вскоре расстаются. Впоследствии, уже в зрелом возрасте Адсон возвращается в то место, где был монастырь, собирая лоскутки чудом сохранившихся страниц. Уже в старости, в конце века он дописывает воспоминания, готовясь к встрече с Богом.
