Юноша по фамилии Тамура, по прозвищу Ворон, в день своего пятнадцатилетия убегает из дома из-за нескладывающихся отношений с отцом. Тот ещё в детстве высказывает пророчество, перекликающееся с греческим мифом об Эдипе, что его сын будет жить с матерью и сестрой (они ушли из семьи, когда мальчику было 4 года) и убьёт своего отца. Уехав из Токио, района Накано, он оказывается в городе Такамацу на юге японских островов, и берёт себе новое имя - Кафка. Параллельно развивается сюжет о Накате - человеке, который в конце 1940-х гг., будучи еще мальчиком, оказался свидетелем приземления инопланетного летательного аппарата, после чего получил ряд паранормальных способностей, однако заплатил за это хроническим отставанием в умственном развитии. В описываемое время он тоже живёт в Накано, получая небольшую пенсию по инвалидности. Кроме кошек, с которыми он может общаться с такой же легкостью, как обычные люди - между собой, у него нет ни друзей, ни близких. Благодаря своему уникальному дару Наката может разыскать на улице сбежавшую из дома кошку, и выполнение таких заданий составляет немалую часть его приработка.
В Такамацу Кафка Тамура встречает людей, которые принимают участие в его судьбе, - парня Осиму (на самом деле девушку, считающую себя геем), директора частной библиотеки Саэки-сан и девушку Сакуру. Он влюбляется в Саэки-сан, хотя и считает её своей матерью, Сакуру же - своей сестрой.
Наката случайно убивает отца Тамуры, Охотника на Кошек, и в это же время Кафка обнаруживает себя без сознания в парке, испачканного кровью.
Наката начинает долгий путь из Токио в Такамацу, а Кафка разбирается в удивительных перипетиях судьбы Саэки-сан. Повинуясь велению потусторонних сил, Наката открывает проход в неизвестный мир, и через этот проход Кафка попадает в поселение вне времени, где встречает людей, покинувших этот мир. Тем не менее он выбирает реальность, проход закрывается, а Наката умирает. Умирает и Саэки-сан.
Кафка Тамура, не избежав пророчества отца, тем не менее находит свой путь в жизни и возвращается в Токио.
