Трагедия начинается с не имеющего отношения к основному сюжету спора между директором театра и поэтом о том, как надо писать пьесу. В этом споре директор разъясняет поэту, что зритель груб, бестолков и не имеет собственного мнения, предпочитая судить о произведении с чужих слов. Да и не всегда его интересует искусство — некоторые приходят на представление лишь для того, чтобы щегольнуть своим нарядом. Таким образом, пытаться создать великое произведение не имеет смысла, поскольку зритель в массе своей не в состоянии его оценить. Вместо этого следует свалить в кучу всё, что попадётся под руку, а так как зритель всё равно не оценит обилия мысли — удивить его отсутствием связи в изложении.
В различных более ранних историях о Фаусте мотивы, по которым Фауст заложил свою душу, варьировались. Так, в «Народной Книге» Фауст продаёт свою душу ради мирских удовольствий. В «Трагической истории доктора Фауста» Кристофера Марло Фауст продал свою душу, желая обессмертить свое имя. Так, хотя его лекарства и спасли многих — он не был в состоянии, скажем, воскресить мёртвого и потому прибег к помощи Сатаны. В трагедии Гёте Фауст смотрит на мир с крайним пессимизмом, проклиная всё существующее в мире, начиная со лжи и самомненья и заканчивая семьёй, любовью и надеждой и готов покончить с собой. Однако, ему является ещё более циничный и ненавидящий мир Мефистофель, заключивший с Господом пари на то, сможет ли Фауст спастись от него (аналогичное пари можно встретить в Ветхом Завете, в Книге Иова). После этого Фауст, относящийся с полным безразличием к загробной жизни, продаёт Мефистофелю свою душу в обмен на мирские удовольствия. По условию соглашения, душа Фауста отходит Мефистофелю в тот момент, когда Фауст возвеличит какой-либо миг своей жизни (в ранних версиях легенды, душа Фауста отходила к Мефистофелю по истечении 24 лет).
В изначальных легендах о Фаусте Фауст делает попытки жениться, но под давлением Мефистофеля, противящегося браку, как обычаю, установленному Господом, предаётся блуду. В интерпретации Гёте конфликт между Фаустом и Мефистофелем о браке отсутствует. Вместо этого Мефистофель потворствует желанию Фауста сблизиться с Гретхен (хотя, фактически, о браке с ней речи не идёт), однако относится к чувствам Фауста с крайним цинизмом и считает, что они сводятся лишь к плотскому влечению. После того как Фауст и Мефистофель убивают в драке брата Гретхен, Валентина, они покидают город, и Фауст не вспоминает Гретхен до тех пор, пока не видит её призрака на шабаше. После этого он идёт на помощь Гретхен, осужденной за то, что она убила дочь, зачатую ею от Фауста, но в итоге бросает сошедшую с ума девушку умирать в тюрьме. Также, хотя и в «Народной книге», и в «Трагической истории доктора Фауста» присутствуют попытки Фауста обратиться к Небу, в версии Гёте подобные размышления были полностью исключены. Однако, как и в более ранних версиях легенды о Фаусте, значительный объём текста уделён шуткам и магическим проделкам Фауста и Мефистофеля.
Вторая часть обогащается перенесением действия в Античный мир — сложным сюжетным переплетением между современным Фаусту Средневековьем и давно ушедшими временами, которые, к слову сказать, с философской точки зрения так близки Гёте и его просвещенному времени, идеологически восходящему ко временам античности.
К концу трагедии Фауст сохраняет цинизм и проклинает Заботу, за что та его ослепляет. Тем не менее Фауст решает, что он переживает величайший миг в своей жизни, так как его работа принесёт большую пользу людям. Таким образом завершается его контракт с Мефистофелем, и его душа должна попасть в ад, а также завершается пари, заключённое между Мефистофелем и Богом, о том, сможет ли Фауст спастись. Однако, в отличие от «Народной Книги», согласно которой Фауст попал в ад, в версии Гёте, несмотря на выполнение условий соглашения и то, что Мефистофель действовал с разрешения Господа, ангелы забирают душу Фауста у Мефистофеля и уносят её в рай.
