Родился в Кейптауне 9 февраля 1940 в семье африканеров, потомков голландских переселенцев. Джон был старшим из двух детей. Его мама работала учительницей в начальной школе. Отец был адвокатом, но практиковал крайне редко. В течение 1941-1945 служил в Вооружённых силах Южной Африки в Италии и в Северной Африке. В родословной Кутзее присутствуют польские корни. Его прадед Балтазар (или Балцер) Дубель иммигрировал из Польши в Южную Африку. Хотя родители Кутзее не являлись британскими подданными, разговорным языком в их доме всегда был английский.
Большую часть своей молодости Кутзее провел в Кейптауне и Вустере. Это отражено в его…
беллетризированных мемуарах Boyhood (1997), посвящённых детским годам. Начальное образование он получил в школе Кейптауна и в школе Вустера. Среднее образование — в школе, которой управлял католический орден маристов. Кутзее начал учёбу в Университете Кейптауна в 1957 и успешно закончил его, получив диплом бакалавра с отличием по английскому языку в 1960 и диплом бакалавра с отличием по математике в 1961. В начале 1960-х, а именно с 1962 по 1965, Кутзее перебрался в Лондон, где некоторое время работал в компании IBM программистом. В 1963 он получил степень магистра в университете Кейптауна, написав диссертацию по произведениям английского романиста Форда М. Форда. Его воспоминания об Англии позже нашли отражение в романе Youth (2002) — втором томе автобиографической прозы.
В 1963 он женился на Филиппе Джаббер (1939-1991). Их брак длился 17 лет, вплоть до 1980. У них было двое детей — дочь Гизела и сын Николас, который погиб в 23 года в результате несчастного случая. В 1965 Кутзее поступил в Университет Техаса в Остине и в 1968 получил докторскую степень по английскому языку, лингвистике и германским языкам. Его диссертация — компьютерный стилистический анализ ранних работ Сэмюэля Беккета. В течение трёх лет, начиная с 1968, Кутзее был доцентом кафедры английского языка в Государственном Университете Нью-Йорка в Буффало. В 1971 он подал заявку на оформление постоянного места жительства в США, но ему отказали по причине причастности к «анти-Вьетнамским» протестам. После получения отказа он вернулся в Южную Африку, где стал профессором английской литературы в Университете Кайптауна.
Между 1984 и 2003 Кутзее преподавал в Соединённых Штатах: в Государственном Универитете Нью-Йорка, В Университете Джонса Хопкинса, Гарварде, Университете Стэнфорда и Чикагском Университете, в котором он на протяжении 6 лет был членом Комитета по общественной мысли.
Кутзее начал писать беллетристику в 1969. Первая его книга — «Сумеречная земля» — была издана в Южной Африке в 1974. Роман «В сердце страны» завоевал литературную премию Южной Африки, приз CNA и был опубликован в Британии и США. «В ожидании варваров» (1980) получил международное признание. Его репутацию упрочил роман «Жизнь и время Михаэла К.», удостоенный Букеровской премии.
О чем бы ни писал Кутзее, он пишет о Южной Африке, иногда она предстаёт на страницах его романов узнаваемой, реальной, иногда затерянным в космосе мифическим миром. Кутзее никогда не был активным борцом с апартеидом, в отличие от Надин Гордимер, его взгляд на мир — это отстранённый взгляд творца. В своих автобиографических книгах Кутзее объясняет, что уже в детстве он не мог не замечать напряженной социальной ситуации окружавшего его мира, так родился его интерес к «униженным и оскорблённым». Он говорит, что из-за столкновения интересов двух рас его родина оказалась на переднем плане — тут противоречия, конфликты, обиды, страдания выступают ярче. Методы защиты у Империи были жестокими, ответные меры — сопротивление — были равносильны по жестокости. На протяжении своей писательской карьеры Кутзее обращается к определённым темам: отношения угнетённых и угнетателей, разрушение или успешное сопротивление человеческой личности под действием физического или морального насилия, отношения между родителями и детьми и трагическая неспособность родителей защитить детей от горя, насилия и обид, хрупкость человеческого существования. Самые сильные романы Кутзее — «В ожидании варваров» и «Жизнь и время Микаэла К.» — были написаны во времена апартеида и стали мощным протестом против насилия над человеком.
В 1994 Кутзее опубликовал роман «Осень в Петербурге», в котором погрузил героя, писателя Достоевского, в бездну горя, слёз и мучительных переживаний. Он объединил сюжетную основу романа «Бесы» с фактами биографии Достоевского. У писателя погибает сын, он дознаётся, что его убила группа Нечаева. Сложная фабула произведения снова дала автору возможность обратиться к проблемам творчества. Мрачное событие становится для Достоевского материалом искусства. Описывая интенсивную работу мысли писателя, который ставит себя между фактами и вымыслом, Кутзее показывает, как писатель отдаёт душу дьяволу, чтобы превратить факты жизни в искусство. У писателя не остаётся нормальных чувств, все они превращаются в материал для романа. Творить — единственное утешение и удовлетворение Достоевского из романа «Осень в Петербурге», который, сражаясь с темнотой, преобразует её в свет, в искусство.
После освобождения Южной Африки от системы расовой дискриминации Кутзее опубликовал роман «Бесчестье», где главной темой стала хрупкость человеческого существования. В стране идёт смена правящего класса, что всегда сопровождается катаклизмами. В этом романе писатель коснулся и другой, важной и полемической темы. Он атаковал университеты. Традиционно они считаются оплотами знания, храмами мудрости и свободы. Кутзее продемонстрировал, что учреждения, организации не могут быть свободнее людей. Он показал мелочность и ханжество профессоров, которые, почуяв опасность, порождаемую поведением их коллеги, его изгоняют. Университетские профессора учат морали, а их поведение аморально. Они учат свободе, а сами изгоняют того, кто заявил о своём праве быть свободным. Писатель показывает их снобизм, уверенность в своей непогрешимости, разоблачает профессорское фарисейство. Атаку на университеты и традиционное западное образование писатель продолжает в романе «Элизабет Костелло». Свои полемические идеи Кутзее преподносит устами стареющей знаменитой писательницы Элизабет Костелло. Роман состоит из восьми лекций, прочитанных Элизабет в университетах разных стран. Автор показывает её отношения с обществом, сестрой, сыном, коллегами и, в конце концов, с Богом. Некоторые коллеги-соотечественники обвиняют писателя в том, что его романы политически некорректны, что он даёт слишком мрачную картину южноафриканского общества. Его точка зрения вполне ясна — было плохо и будет плохо. Но будет плохо по-другому. Его обвиняют в эксплуатации негативного впечатления о Южной Африке. Особенно много нареканий достаётся его роману «Бесчестье», где Кутзее описал опасности жизни на фермах, волну убийств белых фермеров в стране.
Кутзее часто занимается переводами нидерландской и африканской литературы. Также Кутзее известный затворник и сторонится общества до такой степени, что не явился ни за одной из своих двух Букеровских премий. Райян Мэлэн писал, что Кутзее — «человек практически монашеской самодисциплины и предназначения. Он не пьёт, не курит и не ест мясо. Он преодолевает на велосипеде большие расстояния, чтобы поддерживать физическую форму, каждое утро проводит как минимум час за письменном столом и так семь дней в неделю. Коллеги, которые работают с ним уже десятилетиями, утверждают, что видели его смеющимся только однажды. Он посетил несколько званых обедов, на которых, по наблюдениям присутствующих, не проронил ни единого слова». В следствие такого затворнического образа жизни большую ценность приобрели работы, подписанные лично автором. Осознавая это, он стал одной из ключевых фигур в организации фонда Oak Tree Press's First Chapter Series, который выпускал серию лимитированных изданий с подписями литературных гигантов, деньги за которые перечисляются в фонд жертв-детей, пострадавших от ВИЧ. В последние годы Кутзее стал одним из борцов за защиту прав животных. Он выступает против жестокого обращения с ними. В своей речи, зачитанной в Сиднее 22 февраля 2007, он выступил против современной животноводческой отрасли. В творчестве Кутзее есть отклики этой темы, например, в романах «Бесчестье» и «Элизабет Костелло». Сам Кутзее — вегетарианец.
В 2002 Кутзее иммигрировал в Австралию. 6 марта 2006 он стал гражданином Австралии. После посвящённой этому церемонии Кутзее сказал: «Я был очарован свободным и щедрым духом людей, красотой самой земли, и — когда впервые увидел Аделаиду — величием города, который теперь с гордостью могу назвать своим домом». Кутзее живёт в Австралии со своей подругой и коллегой Дорети Драйвер. Они вместе преподают в Университете Аделаиды.
