Многие критики и обозреватели изложили в отзывах свои мнения о манге и аниме «Наруто». Так, рецензенты одобрительно отзывались о манге, отмечая её интенсивность и динамичность, а также сбалансированность сюжета, в котором органично переплетаются сцены боёв, тренировок, развитие характеров героев и комедийные элементы. Дэб Аоки с сайта About.com сочла «Наруто» лучшей мангой 2007 года и отдала ей первое место в списке «Топ-10 сёнэн-манги, которую вы обязаны прочесть». Авторы «The Anime Encyclopedia» отметили, что сюжет «Наруто» позволяет ввести в повествование большое количество персонажей, что в сочетании со сценами битв является залогом успеха манги, как ранее явилось залогом успеха таких работ, как «Жемчуг дракона» и «Ninja Hattori-kun». По мнению писательницы Хелен Маккарти, основные темы манги — настойчивость, упорство, вера в себя и нежелание сдаваться. Исследователь в области массовой культуры Лоуренс Рабин написал, что секрет популярности «Наруто» — в удачном сочетании динамичного боевика и истории о взрослении. Он также назвал мангу историей о поиске себя и становлении связей с другими людьми. Рабин исследовал и символику манги, в частности, счёл, что девятихвостый демон-лис внутри главного героя символизирует борьбу человека с самим собой в попытке сдержать отрицательные — разрушительные — эмоции. По мнению других обозревателей, автору удалось хорошо передать чувства и эмоции персонажей, даже второстепенных, среди которых попадалось много интересных героев. Ксения Аташева, обозреватель журнала «Мир фантастики» отнесла «Наруто», повествующего о самом шумном и веселом ниндзя деревни, к группе самых популярных сёнэн-сериалов.
С выходом второй части манга, по словам критиков, стала более «взрослой» и серьёзной; веб-ресурс IGN, в частности, назвал решение автора разом сделать своих героев на два года старше «умным ходом». Из недостатков был отмечен шаблонный сюжетный ход, заключающийся в том, что некий персонаж в силу обстоятельств остаётся одиноким, начинает считать себя никому не нужным и оказывается послушным оружием в руках какого-нибудь злодея, однако после единичного разговора с Наруто к этому одиночке вдруг возвращается уверенность в себе, и зачастую он из отрицательного персонажа превращается в положительного. Настойчивость и упрямство главного героя тоже понравилось не всем: рецензент IGN Дэвид Смит отозвался о Наруто Удзумаки весьма нелестно, назвав его «тупым, как мешок молотков», а колумнист британского журнала «Neo» счёл его «раздражающим», но при этом заметил, что сериал сам по себе вызывает едва ли не наркотическую зависимость. Наруто Удзумаки — один из самых популярных персонажей для косплея.
В отношении рисунка мнения критиков разделились: одни сочли, что Кисимото — довольно посредственный художник, другие, как русский онлайн-журнал «АниМаг», отметили качественный стиль рисования и проработку деталей: «Магия, техники и умения ниндзя прорисованы особенно здорово. Им художник уделил очень большое внимание». Рецензенты веб-сайта Anime News Network считают, что Кисимото старается подражать стилю Акиры Ториямы, автора популярной манги для юношей (сёнэн) «Жемчуг дракона», однако при этом замечают несовпадения во внешнем виде персонажей, выдающие неаккуратную работу многочисленных ассистентов. В целом, критики сочли «Наруто» классической историей о взрослении главного героя, сёнэн-мангой, не отступающей от канонов своего жанра.
Тем не менее, рецензенты соглашаются с тем, что автор удачно сочетает все стандартные элементы сёнэн-манги. Например, один из авторов онлайн-версии американского журнала «Otaku USA» отмечает, что Кисимото умеет неожиданно менять исход боя между персонажами и мастерски отображает типичную для сёнэн-манги «победу в последнюю минуту».
