Действие романа охватывает два периода — Россия 1919 года и начала 1990-х. Центральный план повествования — взаимоотношения Василия Чапаева и поэта-декадента Петра Пустоты (впоследствии сам автор признался, что совмещение таких «несовместимых» личностей стало одной из главных задач, поставленных перед ним). Второстепенные планы — линия Сердюка, втянутого в войну японских кланов Тайра и Минамото и совершившего впоследствии попытку самоубийства; а также линия Марии и Арнольда Шварценеггера. В символическом плане обе линии соответствуют возможному будущему России — так называемому «алхимическому браку» с Востоком (в реальности Сердюка) или с Западом (реальность Марии). Последняя, четвёртая, линия символизирует оверлогику в лице бандита Володина. Все четверо — Пётр Пустота, Сердюк, Мария и Володин пребывают в психиатрической лечебнице, где проходят курс реабилитации по методу Тимура Тимуровича Канашникова. В начале повествования Тимур Тимурович объясняет только что прибывшему Пустоте, что его методика реабилитации заключается в «совместном галлюцинаторном опыте» — четверо больных, находясь в одной палате, объединены единой целью выздоровления.
Важным «надсюжетным» персонажем выступает Григорий Котовский, которому отводится роль «демиурга». Согласно мифологии романа, именно на нём лежит ответственность за судьбу современной России; ближе к финалу в диалоге с водителем Пётр Пустота говорит о «злоупотреблении Котовского кокаином», и очевидных последствиях этого пристрастия.
Сам Пустота полагал, что реален мир революционной России, а психбольница — лишь сны его воображения, однако Чапаев (представленный в романе как бодхисаттва и постепенно становящийся буддийским учителем Пустоты) пытается убедить Петра, что нереальны оба мира. Роман построен как череда «вставных историй», вращающихся вокруг центрального сюжета: пути Петра Пустоты к неожиданному просветлению (сатори), добиться которого ему помогает Чапаев.
