Спектакли и мюзиклы по сказке входят в репертуар театров для детей. Это один из постоянных сюжетов утренников в детских садах, в постановках детских театральных и танцевальных кружков.
Название сказки носят рестораны и кафе.
В 1942 году композитором М. И. Красевым была написана детская опера «Муха-цокотуха».
Рок-певец Александр Градский написал по мотивам этой сказки рок-оперу, которая до нас дошла в любительских записях.
Грузинский ВИА «Иверия» в 1980-х годах исполнил мини-мюзикл «Муха-цокотуха» на русском языке, где персонажи сказки обрели современный грузинский национальный колорит, в мюзикле прозвучали перепевки песен Ф. Лэя, Ш. Гуно, Ф. Мендельсона, Э. Ханка, (из репертуара А. Пугачёвой), групп «The Beatles», «Boney M», «Dschinghis Khan», грузинских и цыганских песен, а также мелодий из зарубежных рок-опер.
Рок-группа «Красная плесень» в 2004 году по мотивам сказки создала панк-мюзикл «Муха-ссыкатуха», изобилующий обсценной лексикой. В мюзикле присутствуют фрагменты других сказок Корнея Чуковского — «Тараканище» и «Айболит».
В 1992 году энтомологом А. П. Озеровым был описан новый род и вид мух-муравьевидок, названный в чеcть самого известного литературного героя из отряда Diptera — Mucha tzokotucha.
