Считается, что в романе две основные тайны:
1. Был ли в действительности убит Эдвин Друд?
2. Кто такой Дик Дэчери?
Разные исследователи пришли к совершенно противоположным выводам. В 1874 году в журнале «Knowledge» появляется ряд статей под общим заглавием «Мертвец выслеживает», в которых появляется версия, согласно которой Диккенс построил этот роман примерно так же, как и свою раннее написанную повесть «Пойман с поличным», где персонаж, которого пытались убить, сам выслеживает и сбивает с толку убийцу. Согласно этой теории, Джону Джасперу не удается убить Друда и через полгода он появляется в облике Дика Дэчери, чтобы самому вывести своего дядю на чистую воду. Но из воспоминаний старшего сына Чарлза Диккенса известно, что писатель на вопрос о судьбе Эдвина Друда ответил, что он, конечно же, убит.
Существует другая теория, изложенная статье Дж. К. Уолтерса «Ключи к „Тайне Эдвина Друда“»: Друд убит Джаспером. В качестве Дэчери появляется Елена Ландлес, с целью оправдать своего брата Невила. То, что Дик Дэчери — женщина, по мнению автора, говорит: огромный парик, скрывающий женскую прическу, также из романа известно, что она в детстве несколько раз переодевалась в мужскую одежду, чтобы с братом сбежать от жестокого отчима. Интересен факт, что Дэчери для записей пользуется каким-то странным шифром (он оставлял меловые черточки разной длины на дверце буфета). Объяснить такой способ записей можно таким образом: в викторианскую эпоху девочек обучали писать «заостренным» шрифтом с росчерком, а мальчиков — «круглому» шрифту, поэтому пол писавшего легко определить. Из всего вышеизложенного автор статьи приходит выводу, что именно Елене Ландлес Диккенс отвел роль разоблачительницы Джаспера.
Теперь обратимся к третьей версии, высказанной И. И. Смаржевской в статье «Кто такой мистер Дэчери». Автор статьи опирается на рисунки с первой обложки романа, которые выполнены под руководством самого Диккенса. При внимательном рассмотрении можно убедиться, что девушка с цветами в левом верхнем углу и мстительница с кинжалом — одно и то же лицо. Предполагается, что это Роза Буттон, так как в начале романа — она беззаботная девушка (с цветами), а затем она первая начинает подозревать Джаспера в злых намерениях. Картинки внизу изображают Розу и Джаспера в момент его признания в любви и рядом Дэчери, который поднимается по лестнице собора. Лица у Дэчери и Розы снова очень похожи, поэтому зная, что Диккенс сам направлял руку художника, Смаржевская предполагает, что Роза и Дэчери — это один и тот же человек.
Любопытен тот факт, что в 1914 году Диккенсовское общество подвергло Джона Джаспера «суду». Современным исследователям трудно понять серьезность, с которой отнеслись к «процессу» диккенсоведы того времени. В «суде» приняли участие многие литературные деятели начала XX века. Например, обязанности старшины присяжных взял на себя Б. Шоу, хотя при этом он обходил молчанием этот роман, считая, что «Эдвин Друд» лишен литературных достоинств. С помощью данного «процесса» литературоведы надеялись открыть загадки, скрытые в романе. В судебном разбирательстве участвовали наряженные в костюмы актеры, изображавшие персонажей. «Процесс» длился более четырех часов и закончился совсем неожиданно: Шоу вдруг поднялся с места и без всякого совещания с жюри объявил, что приговор уже обсужден и все члены жюри сошлись во мнении, что «Джаспер виновен в преднамеренном убийстве».
Таким образом, раскрытие тайны романа «Эдвин Друд» — это дело будущих литературоведов и любителей творчества Чарлза Диккенса.