В 1204 году Баудолино из Алессандрии входит в Константинополь, не осознавая, что в разгаре Четвёртый Крестовый поход, который вверг город в хаос. В беспорядке он встречает Никиту Хониата, Высшего судью Византийской империи, и спасает ему жизнь.
Баудолино рассказывает византийскому историку историю своей жизни. Крестьянский мальчик Баудолино — уроженец тех же мест, что и сам Эко, — волей случая становится приёмным сыном Фридриха Барбароссы.
Баудолино — незаурядная личность, с ярким воображением и цепким рациональным умом. Он обладает уникальной способностью быстро изучать разные языки. Баудолино, прекрасный рассказчик, обладает одним загадочным свойством: любая его выдумка воспринимается окружающими как нечто реальное, и зачастую благодаря ей меняется ход истории.
Его история начинается в 1155 году, когда Баудолино, будучи ещё 14-летним юношей, вывел из тумана заплутавшего чужеземного путника, оказавшегося императором Фридрихом Барбароссой. Мальчик, предвкушая щедрость важного господина, закованного в латы, предрёк ему грядущую победу в битве, чем обратил на себя внимание и был выкуплен у его родителей. Так фантазии ещё молодого Баудолино начали вплетаться в сеть реальных событий. При дворе и на поле битвы он получает образование в чтении и латинском письме и узнаёт о борьбе за власть и сражениях северной Италии в то время. Его посылают в Париж, чтобы он стал учёным.
В Париже он заводит друзей (Поэт [прототип — Архипиита Кёльнский], Борон [прототип — Роберт де Борон] и Кийот (Гийот) [прототипы — Kyot the Provençal, предполагаемый источник сюжета «Парцифаля» Вольфрама фон Эшенбаха, и Guiot de Provins]) и узнаёт о мифическом царстве пресвитера Иоанна.
С этого времени Баудолино мечтает о достижении этой легендарной земли. Эко описывает, как Баудолино встречает евнухов, единорогов и странные карикатуры на людей.
