Традиционно «Голый завтрак» рассматривается в качестве одного из первых крупных произведений, написанных Берроузом по «методу нарезок». В соответствии с тем фактом, что в итоговую рукопись романа (также называемом антироманом) путём компоновки попало множество разнородных текстов — «СЛОВО» из «Интерзоны», выдержки из писем Гинзбергу и множество ранее не опубликованной прозы писателя, роман «Голый завтрак» предстаёт практически лишённым нити повествования. Джеймс Грауэрхольц, редактор и литературный душеприказчик Берроуза, следующим образом объяснял сложившуюся ситуацию:
Многие из сочинений 1950-х фрагментарны по своей природе; некоторые страницы, начинавшиеся как письма Гинзбергу, так и не были отправлены. Берроуз их перепечатал и соединил с другими материалами. Отправленные письма также содержали большие куски текста, находящиеся в состоянии проработки. Потому-то и не видно границ между «письмами», «дневниками» и «сочинениями», по крайней мере в рукописях, относящихся к упомянутому периоду.
«Роман состоит из двадцати трёх частей, собранных воедино редактором в произвольном порядке, смешанных с целой галереей персонажей, вовлечённых в наркозависимость и как-то связанных со злыми агентами, контролирующими их тела и разум» — описал содержание книги критик из Севильского университета. BBC обозначило роман «кошмаром, наполненным секретными агентами, безумными докторами, гангстерами, зомби, фаллическими монстрами, вампирами и инопланетянами, замешанными в садомазохистские оргии, трансформации, дьявольские планы и межпланетные войны». Книгу часто причисляют к жанру антиутопии, в числе основных тем выделяя наркотические галлюцинации, документальные записи о быте Танжера, гомосексуальные сцены, порнографические описания различных извращений и фармакологические описания воздействия различных препаратов на человека.
Книга начинается с описания приключений агента Ли, странствующего по США в поисках очередной дозы наркотика; главного героя на протяжении всего повествования преследует полиция. Здесь же в сюжетную линию попадает масса эпизодических персонажей, описывающих различные знакомства Ли в ходе его путешествия. Протагонист получает задание нанять некого Доктора Бенвэя, для чего он отправляется на территорию Мексики; там Бенвэй рассказывает Ли о своём пребывании в месте под названием Аннексия (город, использованный Берроузом для иллюстрации штата, на манер американских, подконтрольного полиции и существующей системе контроля, поставленной выше прав и свобод человека). Повествование далее перемещается в Свободию (данная тема наиболее полно развивается в эссе «Пределы контроля» из «Счётной машины»; согласно Берроузу, чтобы быть максимально эффективным, контроль должен быть частичным — он должен создавать иллюзию свободы), некоторое подобие лимба, где в повествование попадает влиятельная организация «Ислам Инк.» (работодатель Ли); также появляются новые герои — Хоселито, Карл и Клем. Описывается торговая площадь, где продается так называемое «чёрное мясо» (в романе оно изображает джанк, то есть героин). Здесь же впервые раскрывается истинная суть Бенвэя — злого, садистского врача-психопата, который и становится антагонистом агента Ли. Повествование перемещается из Свободии в Интерзону (данное место создано Берроузом по образу Танжера в Марокко, где он жил продолжительное время), где появляется новый герой — Хасан (Хасан ибн Саббах, герой множества произведений писателя), устраивающий кровожадную оргию. Параллельно с этим в повествование попадает А. Дж., срывающий вечеринку и разжигающий конфликт с Хасаном. Далее ход романа возвращается на торговую площадь Аннексии, описывается её тоталитарный режим. Одновременно с этим идут краткие истории участников происходящего — Бенвэя, А. Дж., Клема и других. Далее следует описание четырёх заинтересованных сторон, представленных на территории Интерзоны. Сюжет неожиданно возвращается к реальности агента Ли, преследуемого двумя полицейскими офицерами, с которыми он успешно расправляется. Роман завершается скомканным (по методу нарезок) диалогом и внезапно заканчивается.
Несмотря на то, что номинально в книге возможно выделить некое подобие сюжетной линии, подавляющее большинство литературных критиков рассматривают роман в качестве бессюжетного. «Текст этой феерической антиутопии воспроизводит обрывки полуосознанных, бредовых наркотических видений-галлюцинаций, в которых перемешаны гротескные, доведённые автором до абсурда черты нашего мира и времени, приметы нашей жизни» — описал Ярослав Могутин содержание романа в предисловии к его русскоязычному изданию.
Аналогично сборнику рассказов «Интерзона», протагонистом «Голого завтрака» является alter ego Берроуза, в тексте произведения фигурирующее под псевдонимом агент Ли (Уильям Ли, Билл Ли, инспектор Ли). Вторым по значимости персонажем книги является Доктор Бенвэй — «манипулятор и координатор знаковых систем, специалист по всем фазам допроса, промывки мозгов и контроля», как представляет его Берроуз на страницах романа; является антагонистом главного героя. Остальные упомянутые в тексте персонажи предстают второстепенными и не являются сюжетно значимыми.
