Критика спочатку зустріла новий роман Олеся Гончара кількома схвальними статтями, в яких відзначалася передовсім гостра актуальність твору. Зокрема прихильниками були С. Шаховський, Леонід Новиченко, М. Малиновська.
Перша негативна оцінка «Собору» була здійснена Олексієм Федотовичем Ватченком — першим секретарем Дніпропетровського обкому партії. У Дніпропетровську йшов поголос про те, що партійний начальник області, як і Лобода, здав свого батька у будинок для старих. У цьому Ватченко вбачав зумисно наведену автором аналогію. Проте коли через декілька років Олеся Гончара запитають, чи знав він цю історію із Ватченком та його батьком, письменник відповів заперечно.
О. Ватченко запримітив у романі «очорнення радянської влади», наклеп «на людей праці» — «чудових радянських трудівників», а також «замилування старовиною».
Згодом у дніпропетровській газеті «Зоря» з'являється стаття кандидата філософських наук І. Мороза «Собор, революція та ідейність» (1968, 7 квітня), у якій автор продовжує ганьбити роман. Були організовані численні виступи студентів, робітників, колгоспників, службовців.
У «Радянській Україні» 26 квітня 1968 року було опубліковано статтю невідомих авторів, які сховалися під псевдонімами Юрчук та Лебедченко «Перед лицем дійсності», де була висловлена негативна оцінка творові.
Роман офіційна критика вважала творчою невдачею автора, зважаючи на його літературний авторитет.
Свою позицію також висловив і директор інституту літератури імені Тараса Григоровича Шевченка М. Шамота у своїй статті під назвою «Реалізм і почуття історії» («Радянська Україна», 1968, 16 травня). Академік писав:Якщо судити про «Собор» за великим рахунком, гідним такого письменника, як його автор, то треба визнати, що реалізм тут не посилюється, а послаблюється… Письменник найбільше дбає про те, щоб показати грубу прозу, одноманітну буденність життя, виснажливість праці в місті й селі…
31 травня 1968 року у неофіційній обстановці відбулася зустріч Олеся Гончара і ще кількох письменників з Петром Шелестом. Микола Бажан, Леонід Новиченко, Павло Загребельний стали на захист «Собору».
Проте «антисоборна» кампанія продовжувалася, тим більше, що до неї підключилися й деякі московські видання, зокрема стаття М. Федя в «Известиях».
Через таку гостру критику, роман довго замовчувався і впродовж майже 20 років не видавався.
З тих часів навіть зберігся анонімний вірш:Бувають різні точки зору,
Та реалізму суть ясна:
Це шамотіння круг «Собору»
Є гавкіт моськи на слона
Таку різку критику певною мірою можна пояснити також й тим, що на 28-ому з'їзді КПРС було проголошено: «Життя — це діалектичний рух, внутрішня боротьба старої й нової якості». Хоча бажане комуністичною партією і не стало дійсним, літератори були змушені описувати лише позитивні явища у житті тогочасного суспільства. Роман «Собор» не можна було віднести до творів такої категорії.
Проте уже з початком горбачовської відлиги про твір починають з'являтися позитивні статті літературних критиків. Зокрема Є. Сверстюк назвав твір «далеко не пересічним, у якому автор ставить більш чи менш істотні проблеми і пробує вирішити їх на рівні „середнього читача“».Ні, тут автор бере з уст народу те, що наболіло затверділим болем, а проблеми постають самі собою і чекають нашого розуму і рук... Це літературна спроба реставрації справедливості, гласності, громадської думки, і він, безперечно, ввійде в історію як один з найгуманніших творів
Іван Бокий назвав роман «закономірною, послідовною сходинкою у пізнанні зловісної епохи облуди й лицемірства»
