Публикация первого крупного произведения А. Печерского началась с рассказа «За Волгой». Далее он приписал к нему четыре главы (14—17), в которых описывалось путешествие Чапурина на Ветлугу, пребывание его в Красноярском скиту, рассказывалась история Колышкина. Иными словами, он не имел сложившегося плана повествования, поэтому роман не отличается композиционной стройностью. Равным образом автор сам не осознавал перехода от рассказов и очерков к крупному жанру, и уже когда роман был окончен, в 1875 году заявил, что это «не новое, собственно говоря, произведение, это продолжение тех очерков и рассказов, что под общим заглавием „В лесах“ помещались в „Русском вестнике“…». Приступая к работе он вообще не имел понятия, чем закончится роман и насколько широко разовьётся его действие. Более или менее составлять план работы и придерживаться его Мельников стал только на завершающей стадии написания — около 1872 года.
Публикация романа вызвала несколько конфликтов автора с редакцией из-за размера гонорара, который являлся не последним стимулом для создания объёмного текста. В октябре 1872 года Мельников сообщал жене, что потребовал плату в 250 рублей за лист. Отчасти амбиции порождались летней поездкой в Петербург, где «разные фрейлины восхищаются моими сиволапыми мужиками и раскольничьими монахинями, которых, если бы они предстали живьём, конечно, и близко к себе не подпустили бы». В 1873 году, когда журнальная публикация ещё не была окончена, к Мельникову уже начали поступать предложения по книжному изданию. Д. Кожанчиков предложил ему 10 000 рублей за тираж в 5000 экземпляров, но с уплатой по частям. Мельников в ответ запросил 15 000, но согласился бы и на десять, если бы сумма была предоставлена единовременно. В конце концов в 1875 году Мельников опубликовал роман за собственный счёт, причём нераспроданный тираж ушёл М. О. Вольфу. 1 мая 1881 года Вольф выплатил Мельникову 4000 рублей за право выпуска второго издания «В лесах» и сборника рассказов.
