Родился в деревне Давпон, пригороде Усть-Сысольска Вологодской губернии в семье, происходившей из коми-зырян. В 1879 году окончил Усть-Сысольское уездное училище, в 1884 году — Тотемскую учительскую семинарию. С 1885 года работал на Холуницком заводе Вятской губернии чернорабочим, волостным писарем в Корткеросе. Затем учился в реальном училище в…
Вологде. В 1891 поступил в Санкт-Петербургский лесной институт, но из-за тяжёлой жизни оставил его. Был послушником Заоникиевой пустыни.
В 1896 году стал студентом физико-математического факультета Киевского университета, а через год перешёл на историко-филологический факультет Петербургского университета, по окончании которого там же работал преподавателем. В 1911 году стал профессором. С 1908 по 1917 годы по приглашению академика В.М. Бехтерева преподавал в Петербургском психоневрологическом институте.
Писать начал в конце XIX века. Известность получила его книга очерков «На Север в поисках за Памом Бурмортом» (1905). Наиболее значительными литературными произведениями Жакова стали автобиографическая повесть «Сквозь строй жизни» (1912—1914) в 4 частях и эпическая поэма «Биармия» (1916). О произведениях Жакова положительно отзывались Максим Горький, Александр Блок, Валерий Брюсов, Павел Бажов и другие литераторы. Он помогал закрепиться в культуре многим землякам, в том числе получившему всемирную известность социологу Питириму Сорокину.
После 1917 года жил в Юрьеве, а с 1921 года — в Риге. Умер в Риге, прах философа перезахоронен на Центральном кладбище Сыктывкара 19 декабря 1990.
Жаков был разносторонним мыслителем, прошедшим эволюцию от материализма и атеизма к религиозному мистицизму. Он является создателем философского учения лимитизма — «философии предела», основы которой заложены уже в его первой философской работе «Теория переменного и предела в гносеологии и в истории познания» (1904). Много места было уделено «художественно-философской критике». В этом жанре им написаны работы «Леонид Андреев и его произведения (Опыт философской критики)» (1909), «Иван Карамазов. Попытка философского толкования романа Достоевского „Братья Карамазовы“» (1909) и др.
