Сэндлфордская колония кроликов живёт спокойной размеренной жизнью. Для кролика по имени Орех всё начинается, когда его младший брат Пятик рассказывает своё кошмарное видение: колония гибнет, её обитатели обречены. Встревоженный Орех добивается аудиенции у главы колонии — Треараха (Рябиновое Дерево), но тот не придаёт его словам никакого значения. Не сомневаясь в способностях Пятика предвидеть будущее, Орех уговаривает ещё несколько кроликов, в том числе офицера Ауслы по имени Шишак, совершить побег. На пути беглецов оказывается река, но благодаря сообразительности кролика Чернички, они успешно переправляются через неё.
Уходя всё дальше, Орех с друзьями набредают на колонию кроликов, обитатели которой ведут себя очень странно. Не интересующиеся, казалось, ничем, кроме стихов и танцев, даже поиском пропитания, но сытые и упитанные, эти кролики не отвечают на вопросы и явно не рады появлению чужаков. Интуиция Пятика помогает раскрыть зловещую тайну: живущий по соседству фермер просто использует колонию в качестве своего подсобного хозяйства. Перебив в округе хищников, он подкармливает кроликов подпорченными или старыми овощами, и время от времени расставляет силки. Хозяева колонии живут в постоянном страхе, периодически кто-то из них бесследно исчезает, но они не в силах отказаться от сытой и безопасной жизни и бежать. Разоблачение едва не стоило жизни Шишаку, попавшему в силок. Не теряя больше времени, кролики Ореха покидают колонию-западню, вместе с ними уходит местный кролик Земляника.
Прибыв на Уотершипские холмы, кролики решают основать там новую колонию. Исследуя новые места, Орех находит раненую чайку-поморника по имени Кехаар и спасает от гибели. В благодарность за спасение птица сообщает важную информацию: недалеко от Уотершипских холмов есть еще одна кроличья колония.
Неожиданно на Уотершипских холмах появляются двое бывших соплеменников: Колокольчик и бывший капитан Ауслы Падуб. Они приносят страшную новость: Сэндлфордская колония уничтожена, все её обитали погибли. Расчищая место под строительную площадку, люди убили всех кроликов в норах отравляющим газом, перестреляли оставшихся и разровняли поле трактором. Четверым кроликам удалось спастись, но до Уотершипских холмов живыми дошли только Колокольчик и Остролист.
Орех понимает, что для новой колонии необходимы крольчихи, ведь в его группе только кролики-самцы. Он отправляет Остролиста и еще троих кроликов в качестве послов в колонию, про которую рассказал Кихар, а сам в это время предпринимает попытку увести домашних крольчих с расположенной неподалеку фермы.
Вылазка на ферму едва не заканчивается трагедией. Кроликам Ореха удается уговорить нескольких крольчих идти вместе с ними, но явившиеся на шум люди ранят Ореха выстрелом из дробовика. Истекающий кровью Орех прячется в дренажной трубе. Вернувшиеся на Уотершипский холм кролики считают, что Орех погиб, но сверхъестественное чутье Пятика подсказывает, что его брат жив и срочно нуждается в помощи. Пятый заставляет потерявших надежду кроликов разыскать Ореха и привести его на Уотершипский холм.
В это же время возвращаются послы с неутешительными вестями. Эфрафа (колония, в которую они отправились) не просто кроличье поселение, а настоящее крольчье государство с очень жёстким режимом. Во главе Эфрафы стоит генерал Дурман (Зверобой) — огромный свирепый кролик, «не похожий на кролика, любящий драться, как крыса или собака».
Дурман не только не хочет отдавать крольчих, он не выпускает из городка никого, кто туда попал — в Эфрафе очень жёсткая дисциплина, и за всеми следит Ауслафа. Однако там Падуб знакомится с Хизентли, которая рассказывает ему, что из-за перенаселённости многие крольчихи отказываются заводить семью и мечтают уйти оттуда. Послам удается бежать только потому, что офицер, возглавлявший погоню, попал под поезд.
Орех с Черничкой и Пятиком придумывают план, как выманить крольчих из Эфрафы и уйти от погони. Шишаку поручают выполнить самую опасную часть плана — проникнуть в Эфрафу, договориться с крольчихами и войти в доверие к офицерам Ауслафы. Во время побега на преследователей нападает Кихар, а кролики сбегают на лодке. На обратном пути их все же замечают эфрафцы и незамеченными преследуют до Уотершиского холма. Кролики с крольчихами обустраивают большую нору — «Улей», а одна из домашних крольчих Ромашка уже ждёт крольчат.
Тем временем генерал Дурман разрабатывает план для захвата Уотершипа. В один из дней Падуб с Блэкаваром (также выведенным из Эфрафы Шишаком) замечают чужаков, и кролики начинают готовится к обороне. У Пятика снова видение — он в бреду рассказывает о бегающем по лесу псе. Орех внезапно понимает как спасти поселение — он берёт с собой двух самых быстрых сородичей и бежит к ферме, чтобы перегрызть веревку на которой держат собаку и привести её к генералу Дурману. Тем временем тот разрывает «Улей» сверху, но в узкой норе ему приходится драться с Шишаком один на один, и впервые в жизни он терпит поражение. Прибежавший пёс довершает дело — больше генерала Дурмана никто никогда не видел, а с эфрафцами в итоге заключают мир, и через какое-то время на середине дороги между двумя поселениями возникает новый городок.
