Повесть Леонида Андреева поднимает не одну, а множество проблем как психологических, так и философских, этических. Анализировать эти проблемы можно соответственно с различных сторон, но при этом не забывая об их взаимосвязи.
К психологическим проблемам, поднятым в повести, относятся проблемы предательства и одиночества.
Эти же проблемы можно рассматривать и с позиции философии: может ли человек быть одинок? В чём причина его одиночества? Действительно ли иуда был именно предателем или действовал, руководимый высшими силами? (Догматическая трактовка темы Спасения и Искупления такова, что они не свершились бы без страданий и смерти Иисуса, а значит, без предательства Иуды. На этот счёт существует множество наиразличнейших точек зрения, что говорит о неоднозначности проблемы и наличии различных способов толкования данного сюжета).
Ещё одна из проблем, поднятых в повести, носит этический и даже логический характер. Это - проблема взаимосвязи правды и лжи, истинности и неистинности. Мировоззрение, мироощущение иуды крайне необычны, его логика отличается от логики обычных людей. Яркий пример такой логики - монолог Иуды о собаке. Иуда считает правдой тот факт, что все его обманывают, и, исходя из этого, делает предположение, что если он убьёт собаку, то она обманет его и на самом деле станет ещё живее, чем прежде. Возможно, именно эта логика послужила одной из причин предательства: желая погубить Иисуса, Иуда мог надеяться, что тот его обманет и, как та собака, станет ещё живее. При этом Иуда мог пытаться обмануть самого себя и воспринять предательство как доказательство любви и верности.
Иуда пытается уличить в обмане и себя, и людей, его окружающих.
Он пытается доказать апостолам, что их любовь к Иисусу не искренняя, и смысла слов Его они не понимают. Вместе с апостолами, Иуда всех последователей Иисуса противопоставляемый самому Иисусу (сцена с украденными динариями и последующий разговор Иуды с Фомой, сцена, когда Иуда-предатель приходит к апостолам и обвиняет их в нелюбви к Учителю, в предательстве). Этим противопоставлением поднимается проблема несоответствия между учением Христа и учением официальных Церквей: Иисус страдал, но не просил защищать себя, был кроток, смиренен и не приветствовал никакого насилия, отвергал и осуждал его. Официальные же Церкви только перестав быть гонимыми, сами стали гонителями, Церквями, "владеющими и сдирающими шкуру", почитающими крест - орудие убийства и этим предающие своего Учителя.
С точки зрения Иуды предатель не он, а все те, кто неправильно истолковал учение Христа, отказался защищать Учителя.