Думал ли Эрнест Ренан, когда писал «Жизнь Иисуса», что создает новый литературный жанр? Жанр, который будет характеризоваться не только главным героем и временем действия, но – самое важное - стремлением автора рассказать, «как всё было на самом деле». Жанр стал крайне популярным, но большинство попыток реконструировать библейскую историю и представить «истинное» изображение жизни Христа предсказуемо свелись к описанию культурных симпатий и антипатий создавших их авторов. Иван Наживин исключением не стал: как и многие другие, он, заглядывая в колодец истории, видит там лишь собственное искажённое отражение.

Метод «работы» Наживина с Новым Заветом не опирается на тщательный текстологический, культурологический или научно-исторический анализ, автор просто исключает из сюжета своего произведения всё, что не укладывается в рамки рационалистического толкования. Ради «приближения к реальности» автор «Евангелия от Фомы» решительно опускает ряд существенных моментов первоисточника, а оставшиеся – истолковывает в привычном читателю XX века естественно-научном смысле. Больше человеческого и ничего божественного. Существующие евангельские повествования Наживин рассматривает как результат спонтанного мифотворчества свидетелей реальных исторических событий, поэтому заглавный герой романа, Фома, свою версию Евангелия писать отказывается, дабы не сказать ни слова неправды. Опровергая христианскую догматику (естественно, с благородной целью «сохранить» суть христианства как морально-нравственного учения), Наживин подробно описывает естественную жизнь Иешуа: без чудес, без божественного происхождения, без сверхчеловеческих способностей. Иешуа из «Евангелия от Фомы» - «сын своего века», по стечению обстоятельств казнённый за революционные идеи. В этой связи обилие бытовых подробностей в романе (какая стояла погода, как жили люди, что они ели, каков был распорядок дня) и старательная стилизация текста «под античность» кажутся насмешкой над читателем: слишком герой «Евангелия от Фомы» современный и искусственный, чтобы можно было поверить, что читаешь исторический роман.