Роман часто относят к жанру фантастики, так как автор является классиком киберпанка, хотя книга гораздо ближе по жанру к историческому роману.
Отдельные части «Криптономикона» могут быть трудны для усвоения читателем, не знакомым с техническими науками. Некоторые страницы целиком посвящены описанию основных понятий криптографии и защиты информации, включая, например, модульную арифметику и перехват Ван Эйка. Автор даже приводит целиком программу, написанную на языке Perl. Эта программа зашифровывает сообщения, используя шифровальный алгоритм «Пасьянс» (в тексте книги — «Понтифик»), созданный Брюсом Шнайером. Сам алгоритм приведён в приложении в конце книги.
Роман назван в честь вымышленной книги XVII века, вокруг которой вращается сюжет самого романа и книг «Барочного цикла». Прототипом этой книги, по словам автора, был «Меркурий, или Тайный и быстрый посланник» (англ. Mercury, or the Secret and Swift Messenger) Джона Уилкинса, книга по криптографии, изданная в 1641 году. Название этой книги должно было «звучать по-гречески» и содержать частицу «крипто». Возможно, название было навеяно «Некрономиконом» Говарда Лавкрафта. С греческого его можно перевести как «книга секретных законов».
Возможными прототипами вымышленного острова Кинакута называли Бруней, Саравак, Лабуан, Шри-Ланку, Тувалу и Тонга. Остров Йглм по расположению напоминает Гебридские острова, но по духу своих жителей больше напоминает Ирландию.
В вымышленной операционной системе «Финукс» («написанной финнами») легко узнать Linux.
«Криптономикон» тесно связан с «Барочным циклом», эпической трилогией Нила Стивенсона. Герои «Криптономикона» являются потомками героев «Барочного цикла», а мистический Енох Роот появляется во всех четырёх произведениях.
