познакомился с Кальтенбруннером, который рекомендовал его в НСДАП в 1931 году и вскоре после этого вступил в СА. В 1934 году вступил в 89-й штандарт СС, который начал нацистский путч в Вене. В этих организациях он с самого начала проявил свои лидерские качества. В 1938 году во время аншлюса арестовал президента Австрии Вильгельма Микласа и канцлера Шушнига. 10 ноября участвовал в «Хрустальной ночи», после которой стал владельцем роскошной виллы, хозяин которой бесследно исчез, а ряд предприятий, принадлежащих евреям, после ариизации присоединил к фирме своего тестя.
С началом Второй мировой войны Скорцени, работавший инженером-строителем, попытался пойти служить добровольцем в люфтваффе, однако был отвергнут, так как уже достиг 30-летнего возраста. В декабре 1939 года был зачислен сапёром в запасной батальон лейбштандарта СС «Адольф Гитлер». В мае 1940 года участвовал в Французской кампании в качестве водителя автомобиля в штандарте СС «Германия» в звании унтершарфюрера. В марте 1941 года в артиллерийском батальоне дивизии «Дас Райх» получил офицерское звание унтерштурмфюрер СС. Принимал участие в боях года на территории Советского Союза был награждён Железным крестом. В декабре 1941 года заболел и был отправлен на лечение в Вену.
Весной 1942 года Скорцени был направлен в запасной полк в Берлине. В апреле 1943 года в звании гауптштурмфюрера СС рекомендован на место руководителя создаваемых частей особого назначения СС для проведения разведывательно-диверсионных операций в тылу противника. 20 июля 1944 года во время покушения на жизнь Гитлера принял участие в подавлении мятежа: в течение 36 часов, вплоть до восстановления связи со ставкой фюрера, контролировал штаб армии резерва сухопутных войск (его начальник полковник фон Штауффенберг входил в число заговорщиков). В январе-феврале 1945 года командовал частями регулярной армии в оборонительных боях за Пруссию и Померанию. За участие в обороне Франкфурта-на-Одере Гитлер наградил его одним из высших военных знаков отличия, Рыцарским крестом с дубовыми листьями.
15 мая 1945 года Скорцени был арестован, 5 дней провёл в одной камере с Кальтенбруннером. Сотрудничал с американской разведкой. Находился в денацификационном лагере для интернированных. В 1948 году находился в США, где занимался подготовкой агентов-парашютистов (проходил под кличкой «Эйбл»). Затем выехал в Париж, но со скандалом бежал в ФРГ, так как с февраля 1948 года был внесён в списки Комиссии ООН по расследованию военных преступлений, которая завела на Скорцени специальное дело. После поселился во франкистской Испании с паспортом, дарованным ему лично Франко, и отметкой о его довоенной профессии — инженер. В 1952 году он был объявлен немецким правительством «entnazifiziert» (денацифицированным) и призван в Германию. В 1959-69 гг. жил в Ирландии, где купил 200-акровую ферму в графстве Килдэр.
Позднее он работал в качестве консультанта у египетского президента Гамаля Абделя Насера и аргентинского президента Хуана Перона. Скончался от рак в Мадриде.
Организатор диверсионных акций:
В июле 1943 года Скорцени возглавил операцию "Дуб" по освобождению итальянского диктатора Бенито Муссолини, находившегося в заключении после свержения. Решение поручить Скорцени руководство операцией принимал лично Адольф Гитлер, выбравший его из шести кандидатур.
Операция «Длинный прыжок» разработана оберштурмбанфюрером Отто Скорцени, начальник секретной службы СС в VI отделе Главного управления имперской безопасности. Планировалось во время тегеранской конференции 1943 года убить Сталина, Черчилля, Рузвельта, проникнув в посольство Великобритании со стороны армянского кладбища. О планах стало известно советскому разведчику Николаю Кузнецову и затем группа разведчика Геворка Вартаняна раскрыла немецкую резидентуру в Иране, арестовав немецких связистов, которые должны были подготовить плацдарм для высадки немецких диверсантов.
Работая на израильскую разведку Моссад, в 1962 году Скорцени убил ученого-ракетостроителя Хайнца Круга, который работал над ракетной программой для египетского правительства.
Находясь под защитой Франко, Отто Скорцени был ключевой фигурой в организации секретного побега внутреннего сообщества бывших нацистов ODESSA. Являлся лидером при организации одной из крупнейших баз ODESSA в Испании. Также основал в 1970 году Группу «Паладин», неофашистскую организацию, собравшую под своё крыло бывших членов OAS (Organisation de l'armée secrète), SAC (Service d'Action Civique), составив из членов этих собраний ядро антикоммунистической борьбы.
