Богослов, патролог, церковный историк, композитор. Автор монографий, посвящённых жизни и учению Отцов Церкви, переводов с греческого и сирийского языков, трудов по догматическому богословию, многочисленных публикаций в периодической печати.…
Автор музыкальных произведений камерного и ораториального жанра.
Родился в Москве в семье творческой интеллигенции. Мать - писательница Валерия Анатольевна Алфеева, отец рано ушёл из семьи, затем погиб из-за несчастного случая. Принял Крещение в 11 лет. С 1973 по 1984 обучался в Московской средней специальной музыкальной школе им. Гнесиных по классу скрипки и композиции.
15-и лет поступил чтецом в храм Воскресения Словущего на Успенском вражке (Москва); по его позднейшим словам, с того времени «Церковь составляет главное содержание моей жизни». С 1983 года — иподиаконствовал у митрополита Волоколамского и Юрьевского Питирима (Нечаева) и работал внештатным сотрудником Издательского отдела Московского Патриархата.
В 1984 году, по окончании школы, поступил на композиторский факультет Московской государственной консерватории. Учился в классе Алексея Александровича Николаева.
В 1984—1986 годах служил в Советской армии в качестве музыканта духового оркестра.
В январе 1987 года по собственному желанию оставил обучение в Московской консерватории и поступил послушником в Виленский Свято-Духов монастырь.
19 июня 1987 года в соборе Виленского Свято-Духова монастыря пострижен в монашество, а 21 июня в том же соборе рукоположен во иеродиакона архиепископом Виленским и Литовским Викторином (Беляевым).
19 августа 1987 года в Пречистенском кафедральном соборе города Вильнюса рукоположён во иеромонаха архиепископом Уфимским и Стерлитамакским Анатолием (Кузнецовым) по благословению архиепископа Виленского и Литовского Викторина.
В 1988—1990 года служил настоятелем храмов в городе Тельшяй, с. Колайняй и с. Титувенай Виленской и Литовской епархии. В 1990 году назначен настоятелем Благовещенского кафедрального собора г. Каунас.
В 1990 году в качестве избранного делегата от духовенства Виленской и Литовской епархии участвовал на Поместном Соборе в июне 1990 года, избравшем Патриархом митрополита Ленинградского Алексия (Ридигера). Выступил 8 июня с речью, посвящённой взаимоотношениям с РПЦЗ.
В 1989 году заочно окончил Московскую Духовную Семинарию, а в 1991 году Московскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия. В 1993 году окончил аспирантуру МДА.
В 1991—1993 годах преподавал гомилетику, Священное Писание Нового Завета, догматическое богословие и греческий язык в МДАиС. В 1992—1993 годах преподавал Новый Завет в Православном Свято-Тихоновском богословском институте и патрологию в Российском православном университете святого апостола Иоанна Богослова.
В 1993 году был направлен на стажировку в Оксфордский университет, где под руководством епископа Диоклийского Каллиста работал над докторской диссертацией на тему «Преподобный Симеон Новый Богослов и Православное Предание», изучал cирийский язык под руководством профессора Себастиана Брока, совмещая учёбу со служением на приходах Сурожской епархии. В 1995 году окончил Оксфордский университет со степенью доктора философии.
С 1995 года работал в Отделе внешних церковных сношений Московского Патриархата, с августа 1997 года в должности секретаря по межхристианским связям.
В 1995—1997 годах преподавал патрологию в Смоленской и Калужской Духовных Семинариях. В 1996 году читал курс лекций по догматическому богословию в Свято-Германовской православной духовной семинарии на Аляске (США).
С января 1996 состоял в клире храма св. вмц. Екатерины на Всполье в г. Москве (Подворье Православной Церкви в Америке).
С 1996 по 2004 год был членом Синодальной богословской комиссии Русской православной церкви.
В 1997—1999 годы читал курсы лекций по догматическому богословию в Свято-Владимирской духовной семинарии в Нью-Йорке (США) и по мистическому богословию Восточной Церкви на богословском факультете Кембриджского Университета (Великобритания).
В 1999 году Свято-Сергиевским православным богословским институтом в Париже удостоен степени доктора богословия.
В 1999—2000 году вёл ежедневную телевизионную передачу «Мир вашему дому» на 3-м канале телевидения.
В 1999—2002 году продолжал публиковать статьи и книги, в числе которых фундаментальное исследование в двух томах «Священная тайна Церкви. Введение в историю и проблематику имяславских споров».
На Пасху 2000 года в Троицком храме в Хорошёве митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом (Гундяевым) возведён в сан игумена.
Решением Священного Синода от 27 декабря 2001 года игумену Илариону (Алфееву) по возведении в сан архимандрита определено быть епископом Керченским, викарием Сурожской епархии.
На Рождество 2002 года в Смоленском кафедральном соборе митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом возведён в сан архимандрита.
14 января 2002 года в Москве, в Храме Христа Спасителя, хиротонисан во епископа; хиротонию совершил Патриарх Алексий II в сослужении десяти архипастырей.
Решением Священного Синода от 27 декабря 2001 года игумену Илариону (Алфееву) по возведении в сан архимандрита определено быть епископом Керченским, викарием Сурожской епархии.
На Рождество 2002 года в Смоленском кафедральном соборе митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом возведён в сан архимандрита.
14 января 2002 года в Москве, в Храме Христа Спасителя, хиротонисан во епископа; хиротонию совершил Патриарх Алексий II в сослужении десяти архипастырей.
31 марта 2009 года определением Священного Синода был освобождён от управления Венско-Австрийской и Венгерской епархиями и назначен епископом Волоколамским, викарием Патриарха Московского и всея Руси, председателем Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата и постоянным членом Священного Синода по должности. В связи с назначением, также освобождён от должности главы Представительства Московского Патриархата при европейских международных организациях в Брюсселе.
С 31 марта 2009 года — ректор Общецерковной аспирантуры и докторантуры Московского Патриархата.
С 14 апреля 2009 года — настоятель московского храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих радость» (Преображения Господня) на Большой Ордынке.
20 апреля 2009 года «в связи с назначением на пост, предполагающий постоянное участие в работе Священного Синода, и за усердное служение Церкви Божией» возведён Патриархом Кириллом в сан архиепископа.
С 28 мая 2009 года — член Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации
С 27 июля 2009 года — включён в состав Межсоборного присутствия Русской православной церкви и его президиума.
С 11 ноября 2009 года — член Российской части организационного комитета по проведении Года российской культуры и русского языка в Итальянской Республике и Года итальянской культуры и итальянского языка в Российской Федерации.
С 13 января 2010 года — член попечительского совета фонда «Русский мир»
С 29 января 2010 года — председатель Комиссии Межсоборного присутствия Русской православной церкви по вопросам отношения к инославию и другим религиям и заместитель председателя Комиссии Межсоборного присутствия Русской православной церкви по вопросам противодействия церковным расколам и их преодоления
1 февраля 2010 года «во внимание к усердному служению Церкви Божией и в связи с назначением председателем Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата — постоянным членом Священного Синода» возведён Патриархом Кириллом в сан митрополита.
С 26 июля 2010 года — член Патриаршего совета по культуре.
С 22 марта 2011 года — член Высшего Церковного Совета
