Родился в семье Франца Иосифовича Гайдукевича, происходившего из бывшей Виленской губернии, и Марии Ивановны Гайдукевич (Сапоровской) — из бывшей Ковенской губернии. Корни учëного уходят в Польшу и Литву. В Санкт-Петербург отец переехал в конце XIX в., трудился врачом, в советское время — в Выборгской районной поликлинике г. Ленинграда.
Закончив школу в 1923 г., В. Ф. Гайдукевич сразу поступил в Ленинградский государственный университет на археологическое отделение Факультета общественных наук. Одновременно с учëбой работал в экскурсионно — лекторской Базе Ленинградского Губполитпросвета, водил экскурсии по Эрмитажу, Шереметьевскому и Аничкову дворцам, а также по другим памятным местам…
