Однажды в трактире селится новый постоялец — бывший моряк Билли Бонс. Постоялец обладает хмурым и нелюдимым характером, к тому же отягчен хроническим алкоголизмом. Спустя некоторое время к нему начинают приходить странные гости. Первым является пират по кличке Чёрный Пёс, называющий себя «старым другом Билли». Через непродолжительное время между ними вспыхивает драка, и Бонс ранит Чёрного Пса, но тот спасается бегством. Затем Билли посещает страшный слепой нищий пират Пью, который передаёт ему чёрную метку — грозное предупреждение тем, кто нарушает интересы команды. Билли, получив метку, решает срочно покинуть трактир, но внезапно умирает от апоплексического удара. Джим Хокинс и его мать — хозяева трактира, которым Билли задолжал денег за постой — обыскивают мёртвого моряка и его вещи. На дне его сундука они обнаруживают деньги и пакет бумаг. Из этих бумаг становится ясно, что Бонс был штурманом (first mate) на корабле знаменитого капитана Флинта и владел картой какого-то острова.
Джим едва успевает забрать бумаги Флинта из-под носа слепого Пью и его пиратов, которые ночью нападают на трактир «Адмирал Бенбоу» с целью завладеть картой. Бонс, Чёрный Пёс, слепой Пью и остальные — бывшие члены команды «Моржа», пиратского корабля капитана Флинта. Внезапно на помощь Джиму и его матери приходит отряд королевских таможенников. Слепой Пью случайно погибает под копытами лошади, а остальные пираты спасаются бегством — их отход прикрывает команда пиратского люггера, на котором находятся их сообщники.
Джим едет к доктору Ливси и сквайру Трелони и показывает им бумаги. Изучив их, доктор и сквайр приходят к выводу, что карта указывает на место, где Флинт зарыл свои сокровища. Состоятельный Трелони начинает подготовку плавания и поручает дельцу Блендли снарядить для плавания подходящий корабль — шхуну «Испаньола».
Капитан «Испаньолы» мистер Смоллетт выражает большие сомнения в надёжности команды, а в особенности не доверяет своему помощнику — штурману Эрроу, но уступает уговорам доктора Ливси и снисходительности Трелони. «Испаньола» начинает плавание из Бристоля к Острову сокровищ. Во время плавания штурман Эрроу очень много пил и в одну ненастную ночь исчез с корабля, вдобавок Джиму удаётся подслушать тайный разговор матроса Дика, «второго» боцмана Израэля Хэндса и кока, одноногого Джона Сильвера, по прозвищу Окорок (англ. Barbecue), он же Долговязый Джон. Оказывается, что команда, которую нанял Трелони, большей частью состоит из бывшей команды Флинта, и Сильвер — главарь заговорщиков, цель которых — захватить сокровища. Джим узнаёт, что пиратов на корабле существенно больше, чем честных людей. Он слышит о том, что Сильвер и его пираты собираются убить всех честных людей. Пираты нажимают на Сильвера и подгоняют его побыстрее напасть на капитана Смоллетта и остальных, но Сильвер понимает, что шайка не сможет самостоятельно прокладывать курс, так как никто из пиратов не имеет соответствующего образования. План Сильвера — подождать, пока сквайр, капитан, доктор и другие найдут сокровища и погрузят их на корабль, подождать, пока опытный капитан Смолетт доведет корабль «хотя бы до пассата» и уже потом убить их всех.
Тем временем корабль подплывает к Острову сокровищ. Сильвер видит, что его план терпит крах: пираты практически открыто игнорируют приказания капитана Смоллетта, ведут себя довольно агрессивно. Джим рассказывает капитану, сквайру и доктору то, что он слышал. Герои понимают, что они в беде. Смоллетт решает разрядить атмосферу и предлагает команде сойти на берег. План капитана — застать врасплох пиратов, оставленных на корабле, напасть на них и захватить «Испаньолу». План капитана сработал бы, если бы Джим не уплыл на одной из шлюпок вместе с пиратами.
Поэтому капитан предлагает новый план. По карте он видит, что на острове есть старый форт Флинта. Капитан предлагает перебраться в форт и драться с пиратами на острове. Герои собирают порох, оружие, продукты, садятся в ялик и уплывают с корабля. Пираты, застигнутые этими действиями врасплох, готовятся обстрелять ялик. В ялике находятся капитан, доктор, сквайр, Хантер, Джойс, Редрут и Абрахам Грей — матрос из команды, которого пираты хотели, но не смогли склонить на свою сторону. Хэндс пытается потопить ялик, обстреливая его из пушки. Сквайр убивает одного из пиратов. Вскоре герои, потеряв слугу, Тома Редрута, погибшего в бою, добираются до форта и располагаются в нём. Капитан раздает каждому позиции. Герои готовы к длительным боям.
Тем временем Джим достигает берега с пиратами и убегает. Через некоторое время он становится свидетелем убийства честного моряка Тома Джоном Сильвером. По дикому крику становится понятно, что и ещё один честный моряк Алан тоже убит пиратами. Джим бежит, не разбирая дороги, и встречает человека, одетого в козьи шкуры и ведущего себя очень странно. Человек этот сообщает, что он раскаявшийся бывший пират по имени Бен Ганн. Бен просит Джима организовать встречу с доктором. Джим видит британский флаг над фортом и спешит к своим друзьям.
На следующий день Сильвер приходит к форту с белым флагом. Капитан Смоллетт выходит для переговоров. Сильвер предлагает отдать ему карту в обмен на то, что пираты оставят людей в покое и пошлют им на выручку первый же встречный корабль. Смоллетт жёстко отказывает Сильверу и предупреждает, что все переговоры закончены. Капитан Сильвер уходит, обещая, что через час те, «кто останется в живых, позавидуют мёртвым». В ходе атаки завязалась рукопашная схватка, после которой пиратам пришлось отступить, многие из них убиты. Среди защитников форта тоже были потери — Хантер смертельно травмирован, Джойс убит, а капитан Смоллетт получает два огнестрельных ранения.
Джим передает доктору просьбу Бена Ганна. Доктор берет пистолеты, кортик, кладёт в карман карту, вешает на плечо мушкет и уходит. Не в силах выдержать нахождение в форте и желая совершить геройский поступок, Джим берёт запас сухарей, два пистолета, нож и делает вылазку. Он приходит на берег и решает посмотреть, что происходит на «Испаньоле». Джим находит челнок Бена Ганна и, дождавшись отлива, подплывает к кораблю. Джим достигает корабля и понимает, что боцман Хэндс и ирландец О’Брайен, оставшиеся сторожить корабль, пьяны. Он перерезает якорный канат и забирается на борт. Утром он находит раненого Хэндса и убитого О’Брайена. Под руководством Хэндса Джим приводит корабль на Северную стоянку, теперь о местонахождении корабля никому неизвестно. Хэндс пытается убить Джима, но Джим случайно стреляет в него из пистолетов. Хэндс падает в воду и тонет.
Джим возвращается в форт, однако обнаруживает там пиратов и становится заложником. Сильвер отказывается убивать Джима, объясняя пиратам, что убивать заложника нельзя. Поведение Сильвера, ведущего двойную игру, возмущает пиратов. Сильверу вручают «чёрную метку» и требуют перевыборов капитана. Однако Сильвер объясняет своё поведение. Он заключил договор с доктором Ливси: в обмен на карту, запасы продовольствия и форт, пираты дали героям уйти. Никто не может понять, зачем это было нужно. Сильвер остается предводителем, его авторитет только возрастает.
На следующий день приходит с визитом доктор Ливси. Он осматривает и лечит больных лихорадкой пиратов и просит Сильвера разрешения поговорить с Джимом. Сильвер отпускает Джима для разговора с доктором, взяв с него честное слово, что он не убежит. Доктор уговаривает Джима бежать, но тот отказывается. Джим сообщает доктору, где спрятан корабль.
Пираты, взяв с собой Джима, идут искать сокровища. Вскоре они натыкаются на скелет. Сильвер понимает, что это указатель — одна из острот Флинта. Внезапно пираты слышат голос Флинта. В ужасе они останавливаются. Сильвер убеждает всех, что это голос живого человека, так как все слышали эхо. Вскоре пираты распознают голос Бена Ганна. Пираты продолжают свой путь и находят огромную яму. Становится ясно, что клад уже найден, и именно по этой причине доктор и отдал карту. Они собираются напасть на Сильвера и Джима, но доктор Ливси, Абрахам Грей и Бен Ганн нападают на пиратов из засады и убивают Дэрка, пирата с перевязанной головой. Джорджа Мэрри застрелил Сильвер, оставшиеся трое обращаются в бегство.
Оказалось, что Ганн уже давно нашёл сокровища и перенёс их в свою пещеру. Несколько дней герои перетаскивали сокровища на корабль. Вскоре они уплыли с острова, бросив там трёх оставшихся в живых пиратов, но оставив им всё необходимое. Сильверу удаётся исчезнуть в одном из портов, прихватив часть сокровищ. Бен Ганн помог сделать это, так как смертельно его боялся.
Вернувшись в Англию, герои стали богатыми людьми, распорядившись каждый со своей долей по-своему: кто-то с умом, как, например, Грей, взявшийся за учёбу морскому делу и ставший штурманом и совладельцем корабля. И только Бен Ганн растратил свою тысячу фунтов всего за девятнадцать дней. Трелони взял его на работу привратником в парке.
