В первой части, Учитель и я, главный герой, обыкновенный студент, от лица которого ведётся и повествование, заводит дружбу с Учителем (его настоящее имя не раскрывается, впрочем, как и большинство имён других персонажей книги). Это уже довольно пожилой человек, который ведёт образ жизни отшельника и общается главным образом только со своей женой и с недавнего времени с главным героем, однако при этом не допуская полного сближения между ним и собой. Регулярно, раз в месяц, он посещает могилу друга своей молодости, но отказывается отвечать на расспросы о своём прошлом. Учитель — ключевая фигура романа — предстаёт перед нами довольно загадочной личностью. Читатель понимает, что и на его необычное поведение, и на его мировоззрение и отношение к людям повлияли какие-то события в его прошлом. Но тайна Учителя становится известна рассказчику (и читателям) только в конце произведения.
Вторая часть, Родители и я, повествует о том, как главный герой возвращается домой, в деревню, к своему отцу, состояние здоровья которого ухудшается с каждым днём. Когда его отец уже лежит на смертном одре, приходит объёмное и очень тревожное письмо от Учителя.
Содержание письма и составляет третью часть романа, Письмо Учителя. В нём Учитель (как и обещал когда-то молодому человеку) рассказывает о своём прошлом: о его разладе с дядей, который присматривал за его имуществом после смерти родителей Учителя; о своей студенческой жизни в Токио, где он снимал комнату в доме вдовы и её молодой дочери, в которую он в конце концов влюбился. Кроме того в письме описывается история отношений Учителя и К., его друга-студента с высокими духовными идеалами, ведущего почти подвижнический образ жизни. Желая помочь К. изменить его образ жизни, который, как кажется Учителю, лишь делает К. несчастным, он просит вдову принять К. в качестве второго жильца в надежде, что домашний уют и общество женщин поможет К. измениться. Последовавшее за этим развитие событий, описанное в заключительной части письма, привело к драматическим событиям в прошлом Учителя и в итоге стало причиной трагических событий в настоящем.
