Действие романа происходит в недалеком будущем (операционная система Windows Vista уже устарела, но до сих пор установлена на школьных компьютерах). Главный герой, 17-летний подросток Маркус, вместе с тремя своими друзьями (Даррелом, Ванессой и Джолу) оказываются не в том месте и не в то время. В результате террористического акта взорваны мост Бэй-Бридж и прилегающая под ним по дну залива система метро Bay Area Rapid Transit (BART) в Сан-Франциско (штат Калифорния). Маркус находился недалеко от мест взрыва, и поэтому попадает под подозрение Департамента национальной безопасности (ДНБ) США. В числе других гражданских Маркус с друзьями попадает в секретную тюрьму правительства, где его подвергают дознанию и допросам. После пяти дней заключения, во время которого родители Маркуса были уверены, что их сын погиб во время взрыва, Маркуса отпускают домой, пригрозив не распространяться о случившемся инциденте. Вместе с ним отпускают Ванессу и Джолу, но о судьбе четвёртого своего товарища им ничего не известно.
На свободе Маркус обнаруживает, что город изменился: были усилены меры безопасности и контроля. Сан-Франциско превратился в полицейское государство, где за каждым шагом жителей следят агенты национальной безопасности (помимо контроля за передвижениями, отслеживаются движения средств по банковским счетам, граждан содержат под стражей без предъявления обвинений, в отношение пленников используются запрещенные законодательством США методы допроса, определенные гражданские права и свободы игнорируются). Маркус, которому с детства расписывали демократические ценности родной Америки, не может смириться с таким положением, и начинает всеми доступными ему средствами отстаивать свои права. Подпольное движение сопротивления, которое неосознанно создал Маркус, набирает обороты. Подростки всячески противостоят государственной системе, собирая факты, подтверждающие злоупотребление властью.
Финалом романа становится публичное разоблачение департамента национальной безопасности, после того как акция протеста Маркуса попала в средства массовой информации. Власти штата Калифорния освобождают подследственных из тюрьмы спецслужб и открыто осуждают действия Министерства национальной безопасности США. Однако, то же правительство оправдывает виновных офицеров-следователей, военный трибунал просто освобождает их, с переводом на другое место работы. Концовка романа недвусмысленно говорит, что Система признала поражение в одной битве, но противостояние ещё не окончено.
